5.3.2 Foldit

Foldit jẹ ere amuaradagba ti o ṣe iranlọwọ fun awọn alailẹgbẹ ti kii ṣe amoye lati ni ipa ninu ọna ti o jẹ igbadun.

Nipasẹ Netflix, lakoko ti o ṣe evocative ati ki o ko o, ko ṣe apẹẹrẹ awọn ibiti o ti ṣe awọn iṣẹ ipe ti n ṣii. Fun apẹẹrẹ, ni Nipasẹ Netflix julọ awọn olukopa pataki ni ọdun ti ikẹkọ ni awọn iṣiro ati imọ ẹkọ ẹrọ. Ṣugbọn, awọn iṣẹ ipe ipade le tun kopa awọn alabaṣepọ ti ko ni ikẹkọ lapapọ, gẹgẹbi Foldit ti ṣe afihan, ere idaraya amuaradagba kan.

Iwọn idaabobo jẹ ilana nipasẹ eyi ti pq amino acids gba lori apẹrẹ rẹ. Pẹlu oye ti o dara julọ nipa ilana yii, awọn onilọọmọlẹ le ṣe apẹrẹ awọn ọlọjẹ pẹlu awọn pato pato ti a le lo bi oogun. Ni simplification oyimbo kan diẹ, awọn ọlọjẹ maa lati gbe si iṣeduro agbara-agbara wọn, iṣeto ti o ṣe iwọwọn awọn idi ti o yatọ ati fa laarin awọn amuaradagba (nọmba 5.7). Nitorina, ti oluwadi kan ba fẹ ṣe asọtẹlẹ apẹrẹ sinu eyiti amuaradagba yoo ṣe agbo, ojutu naa ni o rọrun: kan gbiyanju gbogbo awọn iṣeto ti o ṣeeṣe, ṣe iṣiro awọn agbara wọn, ati asọtẹlẹ pe amuaradagba yoo wọpọ si iṣeto-agbara-agbara. Laanu, gbiyanju gbogbo awọn iṣeduro ti o ṣeeṣe jẹ iṣẹ ti o ṣeese nitori pe awọn ọkẹ àìmọye ati awọn ilọpo ti o le wa ni o wa. Paapaa pẹlu awọn kọmputa ti o lagbara julo loni-ati ninu agbara ti o ṣeeṣe iwaju iwaju-agbara ti o ni agbara iwaju kii ṣe ṣiṣe. Nitorina, awọn onilọpọ ti ṣe agbekalẹ ọpọlọpọ awọn algorithms onilọwadi lati wa daradara fun iṣeto ni agbara-agbara. Ṣugbọn, pelu idiyele ti ijinle sayensi ati iṣiro-ṣiṣe, awọn algoridimu wọnyi tun wa jina lati pipe.

Nọmba 5.7: Iwọn ọlọjẹ. Iduro ti aworan ti "DrKjaergaard" / Wikimedia Commons .

Dafidi Baker ati ẹgbẹ iwadi rẹ ni Yunifasiti ti Washington ni o jẹ apakan ninu awọn onimọ ijinle sayensi ti n ṣiṣẹ lati ṣẹda awọn ọna kika nipa kika folda. Ninu agbese kan, Baker ati awọn alabaṣiṣẹpọ ti dagbasoke eto ti o fun laaye awọn iyọọda lati funni ni akoko ti ko lo lori kọmputa wọn lati ṣe iranlọwọ fun kika simẹnti. Ni ipadabọ, awọn iyọọda le wo oju iboju kan ti o nfihan kika amuaradagba ti n ṣẹlẹ lori kọmputa wọn. Ọpọlọpọ ninu awọn onimọra wọnyi kọwe si Baker ati awọn alabaṣiṣẹpọ sọ pe wọn ro pe wọn le ṣe atunṣe lori iṣẹ kọmputa naa ti wọn ba le jẹ alabapin ninu iṣiroye. Ati bayi bẹrẹ Foldit (Hand 2010) .

Foldit yi ilana ilana amọradagba sinu ere kan ti ẹnikẹni le ṣiṣẹ. Lati irisi ti ẹrọ orin, Foldit han lati jẹ adojuru (nọmba 5.8). Awọn ẹrọ orin ni a gbekalẹ pẹlu iwọn ila-oorun mẹta ti amọye ti amuaradagba ati pe o le ṣe awọn iṣẹ- "tweak," "wiggle," "atunse" - eyi ti o yi iwọn rẹ pada. Nipa ṣiṣe awọn iṣẹ wọnyi awọn oṣere nyi awọn apẹrẹ ti amuaradagba pada, eyiti o mu ki o pọ tabi dinku idiyele wọn. Ni idaniloju, o ṣe iṣiro ti o da lori orisun agbara ti iṣeto ti isiyi; awọn atunto agbara-kekere ti o ja si awọn ipele to gaju. Ni gbolohun miran, aami-iyọọda naa n ṣe itọsọna awọn ẹrọ orin bi wọn ti n wa awọn atunto agbara-kekere. Ere yii ṣee ṣe nikan nitori-gẹgẹbi asọtẹlẹ awọn oṣuwọn fiimu ni Apapọ Netẹlix Prize-protein folda tun jẹ ipo kan nibiti o rọrun lati ṣayẹwo awọn iṣoro ju fifa wọn lọ.

Nọmba 5.8: Iboju ere fun Foldit. Tun ṣe atunṣe nipasẹ igbanilaaye lati http://www.fold.it.

Aṣọ oniruuru ti Foldit jẹ ki awọn ẹrọ orin pẹlu imoye ti o mọye ti biochemistry lati dije pẹlu awọn algorithmu ti o dara julọ ti a ṣe nipasẹ awọn amoye. Lakoko ti ọpọlọpọ awọn ẹrọ orin ko dara julọ ni iṣẹ-ṣiṣe, o wa diẹ awọn ẹrọ orin kọọkan ati awọn ẹgbẹ kekere ti awọn ẹrọ orin ti o ṣe pataki. Ni pato, ni idije ori-si-ori laarin awọn ẹrọ Foldit ati awọn algorithms ti ipinle, awọn ẹrọ orin ṣe awọn iṣeduro to dara julọ fun awọn ọlọjẹ 5 ninu 10 (Cooper et al. 2010) .

Foldit ati Nipasẹ Netflix yatọ si ni ọpọlọpọ awọn ọna, ṣugbọn wọn mejeji ni awọn ipe ìmọ fun awọn iṣoro ti o rọrun lati ṣayẹwo ju fifun. Ni bayi, a yoo rii iru eto kanna ni ọna miiran ti o yatọ: ofin itọsi. Àpẹrẹ ikẹhin ti iṣeduro ipe ti nsii fihan pe ọna yii le tun ṣee lo ni awọn eto ti ko han gbangba lati ṣe iwọn.