5.3.2 פאָלדיט

פאָלדיט איז אַ שיין עפענען רופן ווייַל עס ענייבאַלז ניט-עקספּערץ צו אָנטייל נעמען אין אַ וועג וואָס איז שפּאַס.

די Netflix Prize, בשעת יוואַקאַטיוו און קלאָר, טוט נישט אילוסטרירן די פול קייט פון עפענען רופן פּראַדזשעקס. לעמאָשל, אין די Netflix Prize רובֿ פון די ערנסט פּאַרטיסאַפּאַנץ האט יאָרן פון טריינינג אין סטאַטיסטיק און מאַשין לערנען. אבער, עפענען רופן פּראַדזשעקס קענען אויך אַרייַנציען פּאַרטיסאַפּאַנץ וואס האָבן קיין פאָרמאַל טריינינג, ווי איז געווען ילאַסטרייטיד דורך פאָלדיט, אַ פּראָטעין פאָלדינג שפּיל.

פּראָטעין פאָלדינג איז דער פּראָצעס דורך וואָס אַ קייט פון אַמינאָ אַסאַדז נעמט אויף זייַן פאָרעם. מיט אַ בעסער שכל פון דעם פּראָצעס, בייאַלאַדזשאַסץ קען פּלאַן פּראָטעינס מיט ספּעציפֿיש שאַפּעס אַז קען זיין געניצט ווי מעדיצין. סימפּליפיינג גאַנץ אַ ביסל, פּראָטעינס טענד צו באַוועגן צו זייער לאָואַסט ענערגיע קאָנפיגוראַטיאָן, אַ קאָנפיגוראַטיאָן אַז באַלאַנסעס די פאַרשידן פּושיז און פּולז ין דער פּראָטעין (Figure 5.7). אַזוי, אויב אַ פאָרשער וויל צו פאָרויסזאָגן וואָס פאָרעם אין וואָס אַ פּראָטעין וועט פאַרלייגן, די לייזונג סאָונדס פּשוט: נאָר פּרובירן אַלע מעגלעך קאָנפיגוראַטיאָנס, רעכענען זייער ענערגיעס, און פאָרויסזאָגן אַז דער פּראָטעין וועט פאַרלייגן זיך די לאָואַסט ענערגיע קאָנפיגוראַטיאָן. צום באַדויערן, דעם ברוט קראַפט צוגאַנג אַז ינוואַלווז טריינג אַלע מעגלעך קאָנפיגוראַטיאָנס איז קאָמפּוטאַטיאָנאַללי אוממעגלעך ווייַל עס זענען ביליאַנז און ביליאַנז פון פּאָטענציעל קאָנפיגוראַטיאָנס. אַפֿילו מיט די מערסט שטאַרק קאָמפּיוטערס פאַראַנען הייַנט, און אין די פאָרעסעעאַבלע צוקונפֿט-ברוט קראַפט איז נאָר נישט געגאנגען צו אַרבעטן. דעריבער, בייאַלאַדזשאַסץ האָבן דעוועלאָפּעד פילע קלוג אַלגערידאַמז צו עפפיסיענטלי זוכן פֿאַר די לאָואַסט ענערגיע קאָנפיגוראַטיאָן. אבער, טראָץ מאַסיוו אַמאַונץ פון SCIENTIFIC און קאַמפּיוטיישאַנאַל מי, די אַלגערידאַמז זענען נאָך ווייַט פון גאנץ.

ציפער 5.7: פּראָטעין פאָלדינג. בילד איז געווען Created און געשטעלט אין ציבור פעלד דורך "דרקדזשאַערגאַאַרד". מקור: וויקיפּעדיע .

דוד באַקער און זייַן פאָרשונג גרופּע אין דער אוניווערסיטעט פון וואַשינגטאָן זענען טייל פון די קהל פון סייאַנטיס ארבעטן צו אַנטוויקלען בעסער קאַמפּיוטיישאַנאַל אַפּראָוטשיז צו פּראָטעין פאָלדינג. אין סדר צו שפּור וואָס איז געווען געשעעניש בשעת זייער אַלגערידאַמז זענען קראַנקינג אַוועק, באַקער און זייַן גרופּע וואָלט טייל מאָל היטן אַ פאַרשטעלן-ויסלייזער אַז וויזשוואַלייזד די פּראָגרעס פון זייער אַלגערידאַמז. בשעת וואַטשינג די וויסואַליזאַטיאָנס, באַקער אנגעהויבן צו ווונדער צי עס וואָלט זיין מעגלעך פֿאַר יומאַנז צו העלפן אין דעם פּראָצעס, און אַזוי אנגעהויבן פאָלדיט, אַ שעפעריש און שיין עפענען רופן (Hand 2010) .

פאָלדיט טורנס די פּראָצעס פון פּראָטעין פאָלדינג אין אַ שפּיל וואָס קענען זייַן פּלייַעד דורך ווער עס יז. פֿון דער פּערספּעקטיוו פון די שפּילער, פאָלדיט אויס צו זיין אַ רעטעניש (Figure 5.8). תקליטור זענט דערלאנגט מיט אַ דרייַ-דימענשאַנאַל פּלאָנטערן פון פּראָטעין סטרוקטור און קענען דורכפירן אָפּעראַטיאָנס- "טוויק", "וויגאַל", "ריבילד" -אַז טוישן זייַן פאָרעם. דורך Performing די אַפּעריישאַנז תקליטור טוישן די פאָרעם פון די פּראָטעין, וואָס אין דרייַ ינקריסאַז אָדער דיקריסאַז זייער כעזשבן. קריטיקאַלי, די כעזשבן איז קאַלקיאַלייטיד באזירט אויף די ענערגיע-מדרגה פון דעם קראַנט קאָנפיגוראַטיאָן; נידעריקער-ענערגיע קאָנפיגוראַטיאָנס רעזולטאַט אין העכער סקאָרז. אין אנדערע ווערטער, די כעזשבן העלפּס פירן די תקליטור ווי זיי זוכן פֿאַר נידעריק-ענערגיע קאָנפיגוראַטיאָנס. דאס שפּיל איז נאָר מעגלעך ווייַל-נאָר ווי פּרידיקטינג פֿילם רייטינגז אין די Netflix Prize-פּראָטעין פאָלדינג איז אויך אַ סיטואַציע ווו עס איז גרינגער צו קאָנטראָלירן סאַלושאַנז ווי דזשענערייט זיי.

ציפער 5.8: שפּיל פאַרשטעלן פֿאַר פאָלדיט.

פאָלדיט ס עלעגאַנט פּלאַן ינייבאַלז תקליטור מיט קליין פאָרמאַל וויסן פון בייאָוקעמאַסטרי צו קאָנקורירן מיט די בעסטער אַלגערידאַמז דיזיינד דורך עקספּערץ. בשעת רובֿ תקליטור זענען נישט דער הויפּט גוט בייַ די אַרבעט, עס זענען אַ ביסל תקליטור און קליין טימז פון תקליטור, וואס זענען יקסעפּשאַנאַל. אין פאַקט, אין אַ קאָפּ-צו-קאָפּ פאַרמעסט צו פאָרויסזאָגן די סטרוקטור פון 10 ספּעציפיש פּראָטעינס, פאָלדיט תקליטור זענען ביכולת צו קלאַפּן שטאַט-פון-דעם-קונסט פּראָטעין פאָלדינג אַלגערידאַמז פינף מאל (Cooper et al. 2010) .

פאָלדיט און די Netflix פּריז זענען אַנדערש אין פילע וועגן, אָבער זיי ביידע אַרייַנציען עפענען קאַללס פֿאַר סאַלושאַנז אַז זענען גרינגער צו קאָנטראָלירן ווי דזשענערייט. איצט, מיר וועט זען די זעלבע סטרוקטור אין נאָך אן אנדער זייער אַנדערש באַשטעטיקן: פּאַטענט געזעץ. דעם לעצט בייַשפּיל פון אַ עפענען רופן פּראָבלעם ווייזט אַז זיי קענען אויך זיין געניצט אין סעטטינגס אַז ביסט נישט דאָך אַמענאַבלע צו קוואַנטיפיקאַטיאָן.