5.3.2 Foldit

Bu qiziqarli tarzda ishtirok etish uchun nodavlat mutaxassislar beradi, chunki Foldit bir go'zal ochiq chaqiruv.

Netflix mukofoti, esga soladigan va aniq esa, ochiq chaqiriq loyihalarni to'liq qator misol emas. Misol uchun, Netflix mukofoti jiddiy ishtirokchilar eng statistika va mashina ta'lim tarbiya yil edi. Lekin, ochiq chaqiriq loyihalar ham Foldit, bir protein yig'ma o'yin tasvirlaydi deb, rasmiy mashg'uloti ishtirokchilarni jalb mumkin.

Protein yig'ma aminokislotalar bir zanjir shakli oladi orqali jarayon. Bu jarayonda bir yaxshiroq tushunish bilan, biologlar dori sifatida foydalanish mumkin xos shakl bilan oqsillar loyihalashtirish mumkin. bir oz soddalashtirib, oqsillar o'z eng past energiya konfiguratsion, turli zarbalari muvozanat va oqsil (rasm 5.7) ichida tortadi bir konfiguratsion ko'chib o'tishga moyil. a tadqiqotchi qaysi bir protein marta nima shakli oldindan istaydi, agar shunday bo'lsa, hal oddiy tovushlar: faqat o'z kuchini hisoblash, barcha mumkin bo'lgan konfiguratsiyasi harakat va oqsil eng past energiya konfiguratsion ichiga yo'l, deb taxmin qilmoqda. milliardlab va potentsial konfiguratsiyalar milliardlab bor, chunki Afsuski, barcha mumkin bo'lgan konfiguratsiyasi harakat o'z ichiga oladi, bu qo'pol kuch-quvvat yondashuv hisoblash mumkin emas. Hatto mavjud eng kuchli kompyuterlar bilan bugun va yaqin kelajakda-qo'pol amaldagi faqat ish qilmoqchi emas. Shuning uchun, biologlar samarali, eng past energiya konfiguratsion qidirish uchun ko'p aqlli algoritm ishlab chiqildi. Lekin, ilmiy va hisoblash harakat katta miqdorda qaramay, bu algoritmlar hali mukammallikdan yiroq bo'ladi.

Rasm 5.7: Protein yig'ma. Image yaratgan va "DrKjaergaard" tomonidan davlat moli sifatida joylashtirildi. Manba: Wikimedia Commons .

David Beyker va Vashington universitetida uning tadqiqot guruhi protein qatlamlanish yaxshiroqdir hisoblash yondashuvlarni ishlab chiqish uchun ish olimlar hamjamiyati qismi edi. ularning algoritmlar yuz cranking esa nima bo'layotganini kuzatib borish maqsadida, Beyker va uning guruhi vaqti-vaqti bilan o'z algoritmlari taraqqiyot ingl bir ekran saqlovchisini-tomosha edi. Bu ingl tomosha, Beyker insonlar jarayonida yordam uchun imkon etadimi hayron boshladi, va shu tariqa Foldit, ijodiy va chiroyli ochiq qo'ng'iroq boshladi (Hand 2010) .

Foldit kimga o'ynadi mumkin o'yin protein qatlamlanish jarayonini aylanadi. futbolchi nuqtai nazaridan, Foldit bir jumboq (rasm 5.8) ko'rinadi. Futbolchilar oqsil tarkibida uch o'lchovli ochiladigan taqdim etiladi va uning shaklini o'zgartirish ya'ni "qayta", "kıpırdar" "tweak" operations- mumkin. Bu operatsiyalarni amalga tomonidan futbolchilar navbat ortadi yoki ularning hisobni kamayadi, qaysi oqsil shaklini o'zgartirish. Tanqidiy, ball joriy konfiguratsiya energiya darajasiga asoslangan hisoblanadi; kam-energetika konfiguratsiyalar oliy ball olib. Boshqa so'zlar bilan aytganda, hisob ular past-energetika konfiguratsiyalar izlanglar, deb futbolchilar hidoyat yordam beradi. Netflix mukofoti-protein qatlamlanish kino reytinglarini bashorat kabi, shuningdek, ularni ishlab ko'ra hal tekshirish uchun oson bo'lgan vaziyat faqat, chunki-bu o'yin faqat mumkin.

Rasm 5.8: Foldit uchun Game ekran.

Foldit ning nafis dizayn mutaxassislari tomonidan ishlab chiqilgan eng yaxshi algoritmlarni bilan raqobatlasha biokimyo oz rasmiy bilim bilan futbolchilar imkon beradi. eng futbolchilar vazifasi, ayniqsa, yaxshi emas-da, ajoyib futbolchilar bir necha futbolchilar va kichik jamoalar bor. Aslida, 10 o'ziga xos oqsillar tuzilishini taxmin qilish uchun bir bosh-to-boshi tanlovda, Foldit futbolchilar davlat-zamonaviy oqsil yig'ma algoritmlar besh marta ura ega edi (Cooper et al. 2010) .

Foldit va Netflix mukofot ko'p jihatdan farq qiladi, lekin ular har ikki ishlab ko'ra tekshirish uchun oson yechim uchun ochiq qo'ng'iroqlarni o'z ichiga oladi. patent huquqi: Endi, biz yana bir juda turli xil sozlamalar bilan bir xil tuzilishga ko'rasiz. ochiq chaqiriq muammo bu final misol ular ham, albatta, o'lchov uchun javobgar emas sozlash foydalanish mumkin ekanligini ko'rsatadi.