5.3.2 Foldit
Eğlenceli bir şekilde katılmak için uzman olmayan sağladığından Foldit bir güzel açık bir çağrıdır.
Netflix Ödülü, uyandıran ve net iken, açık çağrı projelerinin tam kapsamlı göstermek değil. Örneğin, Netflix Ödülü ciddi katılımcıların çoğu istatistik ve makine öğrenme eğitim yıl vardı. Ama, açık çağrı projeleri de Foldit, bir protein katlanması oyunu gösterildiği gibi, hiçbir resmi eğitim almış katılımcıları dahil olabilir.
Protein katlama bir amino asit zinciri şekli elde edilmesini sağlayan işlemdir. Bu sürecin daha iyi anlaşılması ile, biyologlar ilaç olarak kullanılabilecek belirli şekillere sahip proteinleri tasarım olabilir. biraz basitleştirerek, proteinler en düşük enerji yapılandırması, çeşitli iter dengeler ve protein (Şekil 5.7) içinde çeker bir yapılandırmaya gitmek eğilimindedir. Bir araştırmacı içine bir protein kat ne şekil tahmin etmek istiyorsa, çözüm basit sesler: sadece kendi enerjilerini hesaplamak mümkün olan tüm yapılandırmaları denemek ve protein düşük enerji yapılandırma içine kat olacağını tahmin ediyor. milyarlarca ve potansiyel yapılandırmaları milyarlarca vardır çünkü ne yazık ki, tüm olası yapılandırmaları çalışıyor içerir bu kaba kuvvet yaklaşımı hesaplama imkansızdır. Hatta mevcut olan en güçlü bilgisayarlar ile bugün-ve yakın gelecekte-kaba kuvvet sadece işe gitmiyor. Bu nedenle, biyologlar verimli düşük enerji yapılandırması aramak için birçok akıllı algoritmalar geliştirdi. Ama, bilimsel ve sayısal çaba büyük miktarda rağmen, bu algoritmalar hala mükemmel olmaktan uzak bulunmaktadır.
Şekil 5.7: Protein katlanması. Görüntü oluşturulur ve "DrKjaergaard" tarafından kamu malı olarak yerleştirilmiştir. Kaynak: Vikipedi .
David Baker ve Washington Üniversitesi'nde araştırma grubu protein katlanması daha iyi hesaplamalı yaklaşımlar geliştirmek için çalışan bilim adamlarının toplumun bir parçası idi. kendi algoritmaları uzakta marş ise neler olduğunu izlemek için, Baker ve onun grup bazen kendi algoritmalarını ilerleme görüntülendi bir ekran koruyucu izlemek istiyorsunuz. Bu görselleştirme izlerken, Baker insanların sürecine yardımcı olması için mümkün olup olmayacağını merak etmeye başladı ve böylece Foldit, yaratıcı ve güzel açık çağrı başladı (Hand 2010) .
Foldit herkes tarafından çalınabilir bir oyun haline protein katlanması sürecini döner. oyuncu açısından bakıldığında, Foldit bir bulmaca (Şekil 5.8) olduğu görülmektedir. Oyuncular protein yapısında bir üç boyutlu arapsaçı ile sunulmaktadır ve şeklini değiştirmek -yani "rebuild", "kıpırdatmak" "çimdik" operasyonlarda gerçekleştirebilirsiniz. bu işlemleri gerçekleştirerek oyuncuların dönüş artar ya da azalır puanı olan proteinin şeklini değiştirmek. Kritik, skor geçerli yapılandırması enerji seviyesine göre hesaplanır; düşük enerji konfigürasyonları yüksek skorlar ile sonuçlanır. Başka bir deyişle, skor onlar düşük enerjili yapılandırmaları için arama gibi oyuncular rehberlik yardımcı olur. Netflix Ödülü-protein katlanması film derecelendirme tahmin gibi aynı zamanda onları üretmek daha çözümleri için kolay bir durum sırf-Bu oyun sadece mümkündür.
Şekil 5.8: Foldit için Oyun ekranı.
Foldit zarif tasarım uzmanları tarafından tasarlanmış en iyi algoritmalar ile rekabet biyokimya az resmi bilgisine sahip oyuncular sağlar. Çoğu oyuncunun görevi de özellikle iyi olmasa da, olağanüstü bir oyuncu birkaç oyuncu ve küçük ekipler vardır. Aslında, 10 spesifik proteinlerin yapısını tahmin etmek için bir baş-to-head yarışmasında, Foldit oyuncuları state-of-the-art protein katlanması algoritmalar beş kez yenmek başardık (Cooper et al. 2010) .
Foldit ve Netflix ödül birçok yönden farklı, ama her ikisi de üretmek daha kontrol etmek kolay çözümler için açık çağrıları içerir. patent kanunu: Şimdi, biz başka çok farklı ayar aynı yapıyı göreceksiniz. Açık çağrı sorunu Bu son örnek, onlar da açıkça ölçümü için uygun olmayan ortamlarda kullanılabileceğini göstermektedir.
