5.3.2 Foldit
Foldit mangrupa kaulinan protéin-tilepan nu nyandak non-ahli pikeun ilubiung dina cara nu geus senang.
The Netflix Hadiah, bari evocative tur jelas, henteu ngagambarkeun rentang pinuh proyék panggero muka. Contona, dina Hadiah Netflix lolobana pamilon serius kagungan taun latihan di statistik na learning mesin. Tapi, proyék panggero kabuka ogé bisa ngalibetkeun pamilon nu teu boga kaitan latihan formal, sakumaha ieu gambar ku Foldit, kaulinan protéin-tilepan.
Protéin tilepan teh proses ngaliwatan nu hiji ranté asam amino dicokot bentuk na. Sareng pamahaman hadé proses ieu, biologi bisa ngarancang protéin kalawan wangun husus anu bisa dipaké salaku obat. Ngajarkeun rada bit, protéin condong ngalih ka konfigurasi panghandapna-énergi maranéhanana, a konfigurasi nu balances rupa ngadorong sarta metot dina protéin (inohong 5.7). Ku kituna, upami panalungtik hiji hayang ngaduga bentuk kana nu protéin bakal melu, leyuran disada basajan: ngan nyobian sagala konfigurasi mungkin, ngitung énergi, sarta ngaduga yén protéin bakal ngalipet kana konfigurasi panghandapna-énergi. Hanjakal, nyobian sagala konfigurasi mungkin nyaeta komputasi teu mungkin sabab aya milyaran na milyaran konfigurasi poténsial. Malah jeung komputer pangkuatna sadia dinten-na dina gaya hareup-BRUTE foreseeable ieu ngan teu bade jalan. Ku alatan éta, biologi geus dimekarkeun loba algoritma palinter kana epektip milari konfigurasi panghandapna-énergi. Tapi, sanajan jumlahna masif usaha ilmiah sarta komputasi, algoritma ieu masih tebih ti sampurna.
Gambar 5.7: Protéin tilepan. Gambar kahadean tina "DrKjaergaard" / Wikimedia Commons .
David Baker na group ieu panalungtikan-na di University of Washington nya éta bagian tina komunitas élmuwan bisa dipake pikeun nyieun deukeut komputasi keur protéin tilepan. Dina hiji proyék, Baker sareng kolega Anjeun ngembangkeun hiji sistem anu diwenangkeun sukarelawan pikeun nyumbang waktos henteu kapake dina komputer maranéhna pikeun mantuan protéin simulasi tilepan. Dina balikna, anu sukarelawan bisa lalajo screensaver némbongkeun tilepan protéin nu ieu lumangsung dina komputer maranéhanana. Sababaraha of sukarelawan ieu wrote mun Baker sareng kolega Anjeun nyebutkeun yen aranjeunna pikiran yén maranéhna bisa ngaronjatkeun kana prestasi komputer urang lamun éta bisa meunang aub dina itungan. Sahingga mimiti Foldit (Hand 2010) .
Foldit kabukti prosés protéin tilepan kana kaulinan nu bisa dimaenkeun ku saha. Ti perspektif pamuter nu, Foldit nembongan jadi teka a (angka 5,8). Pamaén dibere ku tangle tilu diménsi struktur protéin jeung bisa ngalakukeun operations- "tweak," "ngageol," "nyieun" -that ngarobah bentuk na. Ku ngajalankeun operasi ieu pamaén robah bentuk protéinna, anu dina gilirannana nambahan atawa nurun skor maranéhanana. Kritis, skor nu diitung dumasar kana tingkat énergi konfigurasi ayeuna; konfigurasi handap-énergi ngahasilkeun skor luhur. Dina basa sejen, skor mantuan pituduh pamaén saperti aranjeunna milari konfigurasi low-énergi. Ieu kaulinan téh ukur mungkin sabab-kawas ngaramal ratings pilem dina Netflix Hadiah-protéin tilepan oge kaayaan dimana éta gampang pariksa solusi ti ngahasilkeun aranjeunna.
Gambar 5,8: layar Game pikeun Foldit. Dihasilkeun ku idin ti http://www.fold.it.
Desain elegan Foldit urang nyandak pamaén kalawan saeutik pangaweruh formal ngeunaan biokimia bersaing jeung algoritma pangalusna dirancang ku para ahli. Bari paling pamaén henteu utamana alus dina tugas, aya hiji pamaén individu sababaraha jeung tim leutik pamaén anu luar biasa. Malah dina hiji kompetisi sirah-to-sirah antara pamaén Foldit sarta kaayaan-of-nu-seni algoritma, pamaén dijieun solusi hadé pikeun 5 kaluar 10 protéin (Cooper et al. 2010) .
Foldit jeung hadiah Netflix téh béda ku sababaraha cara, tapi maranéhna duanana ngalibetkeun nelepon kabuka pikeun solusi anu gampang pariksa ti ngahasilkeun. Ayeuna, urang bakal ningali struktur sarua di acan sejen setting pisan béda: Hukum patén. conto final ieu mangrupa masalah panggero kabuka nunjukeun yen pendekatan ieu ogé bisa dipaké dina setélan anu teu écés amenable mun quantification.
