5.3.2 Foldit
Foldit është një thirrje e bukur të hapur për shkak se ajo mundëson jo-ekspertë për të marrë pjesë në një mënyrë që është e bukur.
Çmimi Netflix, ndërsa ndjellëse dhe të qartë, nuk ilustron gamën e plotë të projekteve thirrje të hapura. Për shembull, në çmimin Netflix shumica e pjesëmarrësve të rënda kishin vite të trajnimit në statistika dhe të mësuarit e makinës. Por, projektet thirrje të hapur mund të përfshijë edhe pjesëmarrësit që nuk kanë trajnim formal, siç është ilustruar nga Foldit, një lojë proteina kanate.
Proteina e palosshme është procesi nëpërmjet të cilit një zinxhir i amino acideve merr formën e saj. Me një kuptim më të mirë të këtij procesi, biologët mund të projektimit proteinat me forma të veçanta që mund të përdoret si ilaç. Thjeshtimi mjaft, proteinat kanë tendencë për të lëvizur në konfigurimin e tyre më të ulët të energjisë, një konfiguracion që balancon të shtyn të ndryshme dhe tërheq në proteina (Figura 5.7). Pra, nëse një studiues dëshiron të parashikojë se çfarë formë në të cilën një proteinë do të dele, zgjidhja tingëllon e thjeshtë: vetëm të provoni të gjitha konfigurimet e mundshme, të llogaritur energjitë e tyre, dhe të parashikojnë se proteina do dele në konfigurimin më të ulët të energjisë. Për fat të keq, kjo qasje brute force që përfshin duke u përpjekur të gjitha konfigurimet e mundshme është computationally e pamundur për shkak se ka miliarda dhe miliarda konfigurimin e mundshme. Edhe me kompjuterët më të fuqishme në dispozicion sot, dhe në të ardhmen-brute force e afërt është vetëm nuk do të punojë. Prandaj, biologët kanë zhvilluar shumë algoritme zgjuar që në mënyrë efikase të kërkuar për konfigurimin më të ulët të energjisë. Por, pavarësisht nga shuma masive të përpjekjeve shkencore dhe kompjuterike, këto algoritme janë ende larg nga të përsosur.
Figura 5.7: Proteina kanate. Image është krijuar dhe vendosur në domenin publik nga "DrKjaergaard". Burimi: Wikimedia Commons .
David Baker dhe grupi i tij hulumtues në Universitetin e Uashingtonit ishin pjesë e komunitetit të shkencëtarëve që punojnë për të zhvilluar qasje më të mira kompjuterike në palosjen e proteinave. Në mënyrë për të gjetur se çfarë po ndodhte, ndërsa algoritme e tyre ishin cranking larg, Baker dhe grupi i tij herë pas here do të shikojnë një-mbrojtës Ekrani që visualized përparimin e algoritme të tyre. Ndërsa shikuar këto visualizations, Baker filloi të pyes veten nëse do të ishte e mundur për njerëzit për të ndihmuar në këtë proces, dhe kështu filloi Foldit, një thirrje krijuese dhe të bukur të hapur (Hand 2010) .
Foldit kthen procesin e palosjes së proteinave në një lojë që mund të luhet nga kushdo. Nga perspektiva e lojtarit, Foldit duket të jetë një mister (Figura 5.8). Lojtarët janë paraqitur me një lëmsh tre-dimensionale të strukturës së proteinave dhe mund të kryejë operimet "shkulje", "luaj", "rindërtuar" -që të ndryshojë formën e saj. Duke kryer këto operacione lojtarë të ndryshojë formën e proteinave, e cila nga ana e rrit ose ul rezultatin e tyre. Kritike, rezultati është llogaritur në bazë të nivelit të energjisë në konfiguracionin aktual; konfigurimin më të ulët të energjisë të rezultojë në rezultate më të larta. Me fjalë të tjera, rezultati i ndihmon udhëzojë lojtarët si ata kërkoni për konfigurimin ulët të energjisë. Kjo lojë është e mundur vetëm për shkak se, ashtu si parashikuar ratings film në Netflix Prize-proteina kanate është gjithashtu një situatë ku është më e lehtë për të kontrolluar zgjidhje se gjenerojnë ato.
Figura 5.8: Loja ekran për Foldit.
dizajn elegant Foldit mundëson lojtarët me pak njohuri formale të biokimisë për të konkurruar me algoritme më të rregulluar nga ekspertët. Ndërsa shumica e lojtarëve nuk janë veçanërisht të mira në detyrë, ka disa lojtarë dhe ekipet e vogla të lojtarëve të cilët janë të jashtëzakonshme. Në fakt, në një garë kokë me kokë për të parashikuar strukturën e 10 proteinave të veçanta, lojtarët Foldit ishin në gjendje të mundë të shtet-e-artit-algoritmeve proteina kanate pesë herë (Cooper et al. 2010) .
Foldit dhe çmimin Netflix janë të ndryshëm në shumë mënyra, por ato të dyja përfshijnë thirrje të hapura për zgjidhjet që janë më të lehtë për të kontrolluar se sa të gjeneruar. Tani, ne do të shohim të njëjtën strukturë në një tjetër shumë të ndryshme vendosjen: ligjit patentë. Ky shembull i fundit i një problemi të hapur thirrje tregon se ato mund të përdoren edhe në mjedise që nuk janë të qartë përshtatshme për kuantifikimin.
