5.3.2 Foldit
Foldit je krásna otvorená výzva, pretože umožňuje neodborníci schopní podieľať sa spôsobom, ktorý je zábava.
Netflix Prize, zatiaľ čo evokujúce a jasné, nie je ilustrujú celú škálu projektov otvorenej výzvy. Napríklad v Netflix cenu väčšina vážnych účastníkov mal roky odbornej prípravy vo štatistiky a strojového učenia. Ale projekty Otvorená výzva môže tiež zahŕňať účastníkov, ktorí nemajú formálne školenie, ako je vysvetlené Foldit, proteínového skladacie hry.
Skladanie proteínov je proces, ktorým reťazec aminokyselín sa na jej tvaru. S lepšie pochopenie tohto procesu, biológovia mohol navrhnúť proteíny so špecifickými tvarmi, ktoré by mohli byť použité ako liek. Zjednodušenie celkom dosť, proteíny majú tendenciu sa pohybovať na svojej najnižšej konfigurácie energie, konfiguráciu, ktorá vyrovnáva jednotlivé ťahy a tlaky vo vnútri proteínu (obrázok 5.7). Takže, ak výskumník chce predpovedať, aký tvar, do ktorého budú zložiť proteín, riešenie Znie to jednoducho: stačí vyskúšať všetky možné konfigurácie, vypočítať ich energiu, a predpovedajú, že proteín zloží do najnižšieho konfigurácie energie. Bohužiaľ, tento prístup brutálna sila, ktorá zahŕňa vyskúšanie všetkých možných konfigurácií je výpočtovo nemožné, pretože tam sú miliardy a miliardy možných konfigurácií. Aj s najvýkonnejších počítačov sú dnes k dispozícii, a v dohľadnej budúcnosti-hrubou silou sa jednoducho nebude fungovať. Preto biológovia vyvinuli mnoho chytrých algoritmov efektívne vyhľadávať najnižšie konfiguráciu energie. Avšak napriek veľkým množstvom vedeckých a výpočtovej úsilie, tieto algoritmy sú ešte ďaleko k dokonalosti.
Obrázok 5.7: Protein skladacie. Obraz bol vytvorený a umiestnený do verejnej doméne "DrKjaergaard". Zdroj: Wikimedia Commons .
David Baker a jeho výskumná skupina u University of Washington boli súčasťou komunity vedcov pracujúcich na vývoji lepších výpočtovej prístupy ku skladanie proteínov. Aby bolo možné sledovať, čo sa deje, zatiaľ čo ich algoritmy boli dostával preč, Baker a jeho skupina by občas pozerať na šetrič obrazovky, ktorý zobrazil priebeh svojich algoritmov. Počas sledovania týchto vizualizácií, Baker začal uvažovať, či by bolo možné, aby ľudia na pomoc v tomto procese, a tak začal Foldit, kreatívne a krásnu otvorenú výzvu (Hand 2010) .
Foldit otočí proces skladania proteínov do hry, ktorý možno prehrávať ktokoľvek. Z pohľadu hráča, Foldit javí ako puzzle (obrázok 5.8). Hráči sú prezentované s trojrozmerné spleti štruktúry proteínov a môže vykonávať operations- "vyladiť", "krútiť", "nové zostavenie" -To zmeniť svoj tvar. Vykonaním týchto operácií hráči mení tvar proteínu, ktorý to zvyšuje alebo znižuje ich skóre. Kriticky, skóre sa počíta na energetickú úroveň aktuálnej konfigurácie; konfigurácia s nižšou energiou za následok vyššie skóre. Inými slovami, skóre pomáha viesť hráčov, ktorí vyhľadávajú pre konfigurácie s nízkou spotrebou energie. Táto hra je možná len preto, že, rovnako ako predpovedanie hodnotenie filmov v Prize-proteín skladanie Netflix je tiež situácia, kedy je ľahšie kontrolovať riešenie, než je vygenerovať.
Obrázok 5.8: Obrazovka hra pre Foldit.
Foldit Elegantná konštrukcia umožňuje hráčom s malou formálne znalostí biochémie súťažiť s najlepšími algoritmy navrhnutých expertmi. Zatiaľ čo väčšina hráčov nie sú nijako zvlášť dobrý úloha, existuje niekoľko hráčov a malé skupiny hráčov, ktorí sú výnimočné. V skutočnosti, v súťaži head-to-head predpovedať štruktúru 10 špecifických proteínov, Foldit hráči boli schopní poraziť state-of-the-art skladanie proteínov algoritmy päťkrát (Cooper et al. 2010) .
Foldit a výhra Netflix sa líši v mnohých ohľadoch, ale obaja zahŕňajú otvorenej výzvy na riešenia, ktoré sú ľahšie kontrolovať ako vytvárať. Teraz budeme vidieť rovnakú štruktúru v ďalšom veľmi odlišné nastavenie: patentovom práve. Tento konečný príklad problému otvoreného hovoru ukazuje, že môžu byť tiež použité v prostredí, ktoré nie sú zjavne byť predmetom kvantifikácie.
