5.3.2 Foldit

Foldit යනු විද්වතුන් නොවන අයට ප්රෝටීන-නැමීමේ ක්රීඩාවක් වේ.

නෙට්ෆික්ස් ත්යාගය, විකාර සහ පැහැදිලි ලෙස, විවෘත ඇමතුම් ව්යාපෘති සම්පූර්ණ පරාසයක් නිරූපණය නොවේ. නිදසුනක් ලෙස, නෙට්ෆික්ස් ත්යාගය සඳහා විශාල සහභාගී වූ බොහෝ සහභාගීවන්නන් සංඛ්යාලේඛන සහ යන්ත්ර ඉගෙනුම් පිළිබඳ පුහුණුවක් ලබා තිබුනි. එහෙත්, විවෘත ඇමතුම් ව්යපෘතිවලට අමතරව, Foldit, ප්රෝටීන-නැමීමේ ක්රීඩාවක් ලෙස නිදර්ශනය කළ පරිදි, විධිමත් පුහුණුවකින් තොරව සහභාගිවන්නන් හට සහභාගී විය හැකිය.

ප්රෝටීන් පැටවීම යනු ඇමයිනෝ අම්ල දාමයක් එහි හැඩය ගෙනයාමයි. මෙම ක්රියාවලිය පිළිබඳ හොඳ අවබෝධයක් ඇතිව ජීව විද්යාඥයින්ට ඖෂධ ලෙස භාවිතා කළ හැකි විශේෂ හැඩයන් සමඟ ප්රෝටීන නිර්මාණය කළ හැකිය. ප්රෝටීන් බොහෝ විට ඔවුන්ගේ අවම ශක්ති වින්යාසය වෙත යොමුවන අතර, විවිධ තල්ලු හා සමතුලිතතාවයන් තුලනය වන ප්රෝටීන (රූප සටහන 5.7). එබැවින්, පර්යේෂකයෙකු ප්රෝටීනයක් බවට හැඩගැසෙන හැඩය පුරෝකථනය කිරීමට අවශ්ය නම්, විසඳුම සරලයි: සියලු වින්යාසගතකරණයන් උත්සාහ කරන්න, ඔවුන්ගේ ශක්ති ශක්තිය ගණනය කිරීම හා ප්රෝටීන් පහළම ශක්ති පරාමිතිය තුලට වැටෙන බව අනාවැකි පල කරයි. අවාසනාවකට, සියළුම වින්යාසගත කිරීමේ උත්සාහයන් සංඛ්යාත බිලියන බිලියන විභව්ය වින්යාසය ඇති බැවින් පරිගනකමය වශයෙන් නොහැකි ය. වර්තමානයේ පවතින ඉතාම බලගතු පරිගණක සමඟ වුවද, සහ අනාගත අපේක්ෂාවන් තුල පවා, බෲට් බලය ක්රියාත්මක කිරීමට යන්නේ නැත. එමනිසා ෛජව විද්යාඥයින් විසින් අවම ශක්ති ප්රභවයන් කාර්යක්ෂමව සෙවීමට බුද්ධිමත් බොහෝ ඇල්ගොරිතම නිර්මාණය කර ඇත. එහෙත් විද්යාත්මක හා පරිගණකමය වෑයම් දැවැන්ත ප්රමාණ තිබියදීත්, මෙම ඇල්ගොරිතම තවමත් පරිපූර්ණ නොවේ.

රූපය 5.7: ප්රෝටීන් පැටවීම. රූපය "Dr Kjaergaard" හි අනුග්රහයෙනි / Wikimedia Commons .

ඩේවිඩ් බේකර් සහ වොෂිංටන් විශ්ව විද්යාලයේ ඔහුගේ පර්යේෂක කණ්ඩායමක් ප්රෝටීන නූඩ්ල්ස් වෙත පරිගණකමය ප්රවේශයන් නිර්මාණය කිරීම සඳහා විද්යාඥයින්ගේ ප්රජාව වූහ. එක් ව්යාපෘතියක් තුල, බේකර් සහ සගයන් විසින්, ප්රෝටීන නූතනයට උපකාර කිරීම සඳහා ඔවුන්ගේ පරිගණකවල භාවිතයට නොගත් කාලය පරිත්යාග කිරීමට අවසර දුන් පද්ධතියක් නිර්මාණය විය. නැවතත් ස්වේච්ඡා සේවකයන් ඔවුන්ගේ පරිගණකයේ සිදුවූ ප්රෝටීන නංවාලීමකින් තිරයක් තිරගත විය. මෙම ස්වේච්ඡා සේවකයන් කිහිප දෙනෙක් බේකර් සහ සගයන්ට ලිවූ අතර ඔවුන් පරිගණකයේ කාර්යසාධනය වැඩි දියුණු කිරීමට හැකි බව පවසමින් ගණනය කිරීමට සම්බන්ධ විය හැකිය. ඒ නිසා Foldit (Hand 2010) .

Foldit ඕනෑම අයෙකු විසින් ඉටු කළ හැකි ක්රීඩාවක් බවට ප්රෝටීන නැංවීම ක්රියාවලිය හරවයි. ක්රීඩකයාගේ දෘෂ්ටිකෝණයෙන්, ෆොල්ඩිට් ප්රහේලිකාව ලෙස පෙනී යයි (රූපය 5.8). ක්රීඩකයන්ට ප්රෝටීන් ව්යුහමය ත්රිමාණ ස්පර්ශකයක් ඉදිරිපත් කළ හැකි අතර, ඒවායේ හැඩය වෙනස් කිරීම සඳහා "tweak", "wiggle", "නැවත සකස් කිරීම" සිදු කළ හැක. මෙම ක්රියාකාරකම් සිදු කිරීමෙන් ක්රීඩකයන්ගේ හැඩය වෙනස් වන අතර එමඟින් ඔවුන්ගේ ලකුණු වැඩි වේ. වත්මන් වින්යාසයෙහි බලශක්ති මට්ටම මත පදනම්ව මෙම අගය ගණනය කරනු ලැබේ. අඩු බලශක්ති වින්යාසයන් ඉහළ ලකුණු ලබා ගනී. වෙනත් වචනවලින් කියනවා නම්, මෙම ලකුණු අඩු ශක්ති ශක්තියක් සොයමින් සිටින ක්රීඩකයන්ට මඟ පෙන්වනු ලැබේ. මෙම ක්රීඩාව සිදුවිය හැක්කේ, නෙට්ෆ්රික්ස් ත්යාගය - ප්රෝටීන් පැටවීම තුළ චිත්රපට නැරඹුම් පුරෝකථනය කිරීම පමණක් වන අතර ඒවා උත්පාදනය කිරීමට වඩා විසඳුම් පරීක්ෂා කිරීම පහසුය.

Figure 5.8: Foldit සඳහා ක්රීඩා තිරය. Http://www.fold.it වෙතින් අවසර ලබා ගත හැක.

ෆොල්ඩිට්ගේ අලංකාර මෝස්තරය විෙශේෂඥයින් විසින් නිර්මාණය කරන ලද හොඳම ඇල්ගොරිතම සමඟ තරඟ කිරීමට ජෛව රසායන විද්යාව පිළිබඳ නිපුණතා දැනුමක් සහිත ක්රීඩකයන්ට හැකියාව ලැබේ. බොහෝ ක්රීඩකයන් විශේෂ කාර්යයක් නොවන අතර ක්රීඩකයන් කිහිප දෙනෙකු සහ සුවිශේෂී ක්රීඩකයන් සිටින කුඩා කණ්ඩායම් කිහිපයක් තිබේ. ඇත්ත වශයෙන්ම, Foldit ක්රීඩකයන් සහ අති නවීන ඇල්ගොරිතමයන් අතර ප්රධාන හිසෙහි තරඟයකදී ක්රීඩකයන් 10 ක් සඳහා ප්රෝටීන 10 ක් සඳහා වඩාත් හොඳ විසඳුම් නිර්මාණය කළහ. (Cooper et al. 2010) .

ෆොල්ඩිට් සහ නෙට්ෆ්රික්ස් ත්යාගය බොහෝ ආකාර වලින් වෙනස් වේ, නමුත් ඒවා දෙකම ජනනය කිරීමට පහසු වන විසඳුම් සඳහා විවෘත ඇමතුම් ඇතුළත් වේ. දැන්, අපි තවත් එකම වෙනස් පසුබිමක් තුළ එකම ව්යුහය දකිනු ඇත: පේටන්ට් නීතිය. විවෘත ඇමතුම් ගැටළුවක් සඳහා මෙම අවසන් උදාහරණය පෙන්නුම් කරන්නේ මෙම ප්රවිෂ්ටය ප්රමාණාත්මකව අනුමත නොකළ හැකි සැකසුම් වලදී භාවිතා කළ හැකි බවයි.