5.3.2 Foldit

അതു രസകരമായ ഒരു വിധത്തിൽ പങ്കെടുക്കാൻ നോൺ-വിദഗ്ധരുടെ സജ്ജമാക്കുന്നു കാരണം Foldit മനോഹരമായ തുറന്ന കോൾ ആണ്.

നെറ്റ്ഫിക്സ് സമ്മാനം, ബാല്യത്തിന്റെ വ്യക്തമായ അതേസമയം, തുറന്ന കോൾ പദ്ധതികൾ മുഴുവൻ ശ്രേണിയിലുള്ള വിശദമാക്കുന്നത് ഇല്ല. ഉദാഹരണത്തിന്, നെറ്റ്ഫിക്സ് സമ്മാനം ഗുരുതരമായ പങ്കെടുക്കുന്നവരുടെ ഏറ്റവും സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ മെഷീൻ പഠന പരിശീലനത്തിനു സംവത്സരം. എന്നാൽ, ഓപ്പൺ കോൾ പദ്ധതികൾ പോലെ Foldit, ഒരു പ്രോട്ടീൻ നിദ്ര ഗെയിം ചിത്രീകരിച്ചിരിക്കുന്നു ചെയ്തു ഔപചാരികമായി പരിശീലനം പങ്കാളികളെ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത് കഴിയും.

പ്രോട്ടീൻ നിദ്ര അമിനോ ആസിഡുകൾ മാലയും അതിന്റെ ആകൃതിയിൽ എടുക്കും വഴി പ്രക്രിയയാണ്. ഈ പ്രക്രിയ ഒരു മെച്ചപ്പെട്ട ബുദ്ധി ഉപയോഗിച്ച്, ജീവശാസ്ത്രജ്ഞരും ഔഷധമായി ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിഞ്ഞില്ല പ്രത്യേക ആകൃതിയിലുള്ള പ്രോട്ടീൻ രൂപകൽപ്പന കഴിഞ്ഞില്ല. അൽപ്പം ലളിതവൽക്കരിക്കുന്നു, പ്രോട്ടീൻ അവരുടെ താഴ്ന്ന കോൺഫിഗറേഷൻ, വിവിധ പാലിയ്ക്കുന്നതിന് സമതുലിതാവസ്ഥയിലാക്കി പ്രോട്ടീൻ (ചിത്രം 5.7) ഉള്ളിൽ വെട്ടുന്നു ക്രമീകരണ നീങ്ങാൻ പ്രവണത. അതുകൊണ്ട്, ഒരു ഗവേഷകൻ ഒരു പ്രോട്ടീൻ മടക്കിക്കളയുന്നു ഏത് എന്ത് ആകാരം പ്രവചിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു എങ്കിൽ, പരിഹാരം ലളിതമായ ശബ്ദങ്ങൾ: വെറും സാധ്യത എല്ലാ കോൺഫിഗറേഷനുകളുടെ ശ്രമിക്കുക ഐ 'എന്ന പേരിൽ കണക്കാക്കാൻ, പ്രോട്ടീൻ താഴ്ന്ന കോൺഫിഗറേഷനിലേക്ക് മടക്കിക്കളയുന്നു എന്നു പ്രവചിക്കാൻ. നിർഭാഗ്യവശാൽ, സാധ്യതയുള്ള കോൺഫിഗറേഷനുകളും ശതകോടിക്കണക്കിനു ശതകോടി ഉള്ളതിനാൽ എല്ലാ കോൺഫിഗറേഷനുകൾ ശ്രമിക്കുന്ന ഒത്തിണക്കി ഈ മൃഗീയമായ ഫോഴ്സ് സമീപനം കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ അസാധ്യമാണ്. ഇന്നും-ആൻഡ് സമീപഭാവിയിൽ-മൃഗീയമായ സേനയിലെ ഏറ്റവും ശക്തവും കമ്പ്യൂട്ടറുകളുമായി വെറും പ്രവർത്തിക്കാൻ പോകുന്നില്ല. അതുകൊണ്ടു, ജീവശാസ്ത്രജ്ഞരും ഫലപ്രദമായി താഴ്ന്ന കോൺഫിഗറേഷൻ തിരയാൻ സമർത്ഥരായ പല അൽഗോരിതങ്ങൾ വികസിപ്പിച്ചെടുത്തിട്ടുണ്ട്. എന്നാൽ, ശാസ്ത്രീയവും കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ ശ്രമത്തിന്റെ വൻതോതിൽ പണം ഉണ്ടായിട്ടും, ഈ അൽഗോരിതങ്ങൾ ഇപ്പോഴും തികഞ്ഞ അകന്നിരിക്കുന്നവർ.

ചിത്രം 5.7: പ്രോട്ടീൻ നിദ്ര. ചിത്രം "DrKjaergaard" സൃഷ്ടിക്കുകയും സ്ഥാപിച്ചിട്ടുള്ള പൊതുസഞ്ചയത്തിലാണ് ചെയ്തു. അവലംബം: വിക്കിമീഡിയ കോമൺസിൽ .

വാഷിംഗ്ടൺ സർവകലാശാലയിലെ ഡേവിഡ് ബേക്കർ അവന്റെ ഗവേഷണ സംഘം പ്രോട്ടീൻ ഏടുകൾ നല്ലതു കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ സമീപനങ്ങളുടെ വികസിപ്പിക്കുന്നതിനും അധ്വാനിക്കുന്ന ശാസ്ത്രജ്ഞന്മാരുടെ കമ്മ്യൂണിറ്റി ഭാഗമായിരുന്നു. അവരുടെ അൽഗോരിതങ്ങൾ അകലെ വ്യതാസപ്പെടുന്നു നിൽക്കെ സംഭവിക്കുന്നതെന്ന് ട്രാക്ക് ചെയ്യുന്നതിന്, ബേക്കർ സംഘവും ചിലപ്പോൾ ആൽഗോരിഥമുകളുടെ പുരോഗതി ദൃശ്യവൽക്കരിപ്പെടുകയും ഒരു സ്ക്രീൻ-സേവർ അല്ലേ. ഈ ദൃശ്യവത്ക്കരണങ്ങൾ കാണുമ്പോൾത്തന്നെ ബേക്കർ മനുഷ്യർക്ക് പ്രക്രിയയിൽ സഹായിക്കാൻ സാധ്യമാണ് എത്തുമോ എന്ന് ചിന്തിച്ചേക്കാം തുടങ്ങി, അങ്ങനെ Foldit, ഒരു ക്രിയേറ്റീവ് മനോഹരമായ ഓപ്പൺ കോൾ തുടങ്ങി (Hand 2010) .

Foldit ആർക്കും പ്ലേ കഴിയുന്ന ഒരു ഗെയിം മടകൂപാളിയും പ്രോട്ടീൻ പ്രക്രിയ തിരിക്കുന്നു. പ്ലെയർ നിലപാടുകളിൽ നിന്ന്, Foldit ഒരു പസിൽ (ചിത്രം 5.8) തോന്നുന്നു. കളിക്കാർ പ്രോട്ടീൻ ഘടന ഒരു ത്രിമാന ആകാനല്ലെ അവതരിപ്പിക്കപ്പെടുന്ന ഒപ്പം operations- "കുറ്റമറ്റ", "പുളയുക" നടത്താം, അതിന്റെ രൂപം മാറ്റുക അതായത് "പുതുക്കിപ്പണിയാനുള്ള". ഈ പ്രവർത്തനങ്ങൾ താരങ്ങൾ നടപ്പിലാക്കുന്നതിലൂടെ ടേൺ കൂടുതല് അല്ലെങ്കിൽ അവരുടെ സ്കോർ കുറയുന്നു ഏത് പ്രോട്ടീൻ, ആകൃതി മാറ്റാൻ. വിമർശനാത്മകമായി സ്കോർ നിലവിലെ കോൺഫിഗറേഷൻ ഊർജ്ജം-ലവൽ അടിസ്ഥാനമാക്കി കണക്കു; താഴത്തെ-ഊർജ്ജ കോൺഫിഗറേഷനുകൾ കൂടുതൽ സ്കോറുകൾ കാരണമാകുകയും. മറ്റു വാക്കുകളിൽ, സ്കോർ കുറഞ്ഞ ഊർജ്ജ കോൺഫിഗറേഷനുകൾ തിരയാൻ കളിക്കാർ മികവുറ്റ സഹായിക്കുന്നു. കാരണം-വെറും നെറ്റ്ഫിക്സ് സമ്മാനം-പ്രോട്ടീൻ ഏടുകൾ ൽ സിനിമ റേറ്റിംഗ് ഷിതമായത് പോലെ സൃഷ്ടിക്കാനുപയോഗിച്ച അധികം പരിഹാരങ്ങൾ പരിശോധിക്കാൻ എളുപ്പം എവിടെയാണ് സ്ഥിതി ആണ് ഈ ഗെയിം മാത്രമേ സാധിക്കുകയുള്ളൂ.

ചിത്രം 5.8: ഗെയിം Foldit സ്ക്രീൻ.

Foldit ന്റെ ത്ത ഡിസൈൻ വിദഗ്ധർ രൂപകൽപ്പന മികച്ച അൽഗോരിതങ്ങൾ മത്സരിക്കാൻ ജൈവരസതന്ത്രം അല്പം ഔപചാരിക അറിവ് കളിക്കാർ സജ്ജമാക്കുന്നു. ഏറ്റവും കളിക്കാർ ടാസ്ക് പ്രത്യേകിച്ച് നന്നല്ല പണമില്ല, ഏതാനും കളിക്കാർ അനിതരസാധാരണമായ ആർ കളിക്കാരുടെ ചെറിയ ടീമുകൾ ഉണ്ട്. വാസ്തവത്തിൽ, 10 നിർദ്ദിഷ്ട പ്രോട്ടീൻ ഘടന പ്രവചിക്കാൻ ഒരു തല ലേക്കുള്ള-തല മത്സരത്തിൽ, Foldit കളിക്കാരെ-ഓഫ് ദി ആർട്ട് പ്രോട്ടീൻ നിദ്ര അൽഗോരിതങ്ങൾ അഞ്ചു തവണ തല്ലി സാധിച്ചു (Cooper et al. 2010) .

Foldit, Netflix സമ്മാനം പല തരത്തിൽ വ്യത്യസ്തമാണ്, എന്നാൽ അവർ ഇരുവരും ജനറേറ്റ് അധികം പരിശോധിക്കാൻ എളുപ്പം എന്നു പരിഹാരം ഓപ്പൺ കോളുകൾ ഇടപെടണം. പേറ്റന്റ് നിയമം: ഇപ്പോൾ ഞങ്ങൾ മറ്റൊരു വളരെ വ്യത്യസ്തമായ ക്രമീകരണം ഇതേ ഘടന കാണും. ഒരു തുറന്ന കോൾ പ്രശ്നം ഈ അന്തിമ മാതൃക അവർ വ്യക്തമായും പരിണാമങ്ങൾ വശംവദരാകുകയായിരുന്നു ക്രമീകരണം ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയും കാണിക്കുന്നു.