5.3.2 Foldit
Foldit бул кызыктуу бир жол менен катышуу үчүн эмес эксперттерди берет, анткени ал сулуу ачык чакыруу болуп саналат.
Netflix сыйлыгы, ал эми сегмент жана ачык-айкын, ачык чакыруу долбоорлорду толук спектрин мисал эмес. Мисалы, Netflix сыйлыгына олуттуу катышуучулардын көбү статистикалык жана машина окууга даярдоонун жыл тынчтык болду. Бирок, ачык чакыруу долбоорлор да Foldit, бир белок жата оюн менен мисал катары, эч кандай расмий даярдыгы бар катышуучуларды тартууга болот.
Протеиндин эселенишинин амино-кислотадан турган тизмек абалда алат аркылуу жараян. Бул жараяндын жакшы түшүнүү менен, биологдор дары катары колдонулушу мүмкүн белгилүү калыптарга менен белокторду жаратышы мүмкүн. бир аз жөнөкөйлөтүү, белоктор өз төмөн энергетикалык МРЗ көчүп кетип, ар кандай ыйынат балансын тарам жана белок (Figure 5.7) ичинде тарткылай берет. Ошондуктан, бир изилдөөчү бир белок бүктөп турган кайсы түрүндө алдын алгысы келсе, чечим жөнөкөй угулат: эле, мүмкүн болгон бардык тарам аракет жумшоого, эсептөө, белок төмөн энергетикалык МРЗ алып, бүктөп болот деген пикирде. Тилекке каршы, бул албоого, күч ыкмасы болуучу Ырасталыштар миллиарддаган жана миллиарддаган бар, анткени эсептөөлөрдү жүргүзүү мүмкүн эмес, мүмкүн болгон бардык тарам аракет талап кылынат. Бар абдан күчтүү эсептөө менен бүгүнкү жана жакынкы келечектеги албоого, күч менен гана иш алып бара албайт. Ошондуктан, биологдор натыйжалуу төмөн энергетикалык МРЗ издөө үчүн көп акылдуу алгоритмдерди иштеп чыгышкан. Бирок, илимий жана эсептөө максатында массалык өлчөмдө карабастан, бул алгоритмдер азыркыга чейин кемчиликсиз бар.
Figure 5.7: Белоктордун жата. Image «DrKjaergaard» тарабынан коомдук кенчке түзүлгөн жана жайгаштырылган. Source: Wikimedia Commons .
Дөөтү Бейкер жана АКШ институтун анын изилдөө тобу белок бүктөлүштөргө жакшы эсептөө ыкмаларын иштеп чыгуу үчүн жумушчу илимпоздордун коомчулуктун бир бөлүгү болгон. алардын алгоритмдерди жок cranking жатканда, эмне болуп жатканын аныктоо максатында, Бейкер жана анын тобу кээде алардын алгоритмдерди жүрүшүн телегейи тегиз бир экран үнөмдөлөт сактамак. Бул сүрөттөлүштүн көрүп жатканда, Бейкер адамдар жараянына жардам берүү үчүн мүмкүн болмок күмөн санай баштайт, ошентип Foldit, чыгармачылык жана кооз ачык чакыруу баштаган (Hand 2010) .
Foldit эч ойной алат турган оюнга киришип протеин Бүктөмөлүүлүктүн жараянын баштайт. оюнчу көз карашы, Foldit Мозаиканын (Figure 5.8) болуп эсептелет. Оюнчулар белоктун түзүлүшүн үч өлчөмдүү кебинен менен берилген жана, «кыймылдатуу» «Tweak», operations- аткарууга, анын саясый, башкача айтканда, «кайра куруу», болот. Бул иштерди аткаруу менен оюнчулар кезеги жогорулайт же баа төмөндөйт, протеин калыбын өзгөртөт. Сын, баа учурдагы түзүмүн энергия боюнча эсептелет; төмөнкү энергия параметрлер жогорку упайлардын алып. Башка сөз менен айтканда, баа, алар аз энергия Ырасталыштар издеп сыяктуу оюнчулар жол берет. Бул оюн Анткени эле Netflix сыйлыгынын белок Бүктөмөлүүлүктүн тасма баалоо алдын ала болуп, ошондой эле аларды пайда караганда жолдорун текшерүү үчүн кыйын болгон абал гана мүмкүн болот.
Figure 5.8: Foldit үчүн оюн экран.
Foldit анын көрктүүлүгү, дизайн эксперттер тарабынан иштелип чыккан мыкты алгоритмдердин менен атаандаша биохимия аз расмий билим менен оюнчуларды берет. көп оюнчулар милдеттерди, атап айтканда, жакшы эмес, ошол эле учурда, өзгөчө болуп оюнчулар бир нече оюнчулар жана чакан тобу бар. Чынында, 10 атайын белоктордун түзүлүшүн алдын ала айтып, анын башы үчүн башчысы конкурска, Foldit оюнчулар мамлекеттик заманбап протеиндин эселенишинин алгоритмдер беш жолу сабап алышкан (Cooper et al. 2010) .
Foldit жана Netflix сыйлык көп жагынан ар түрдүү болот, бирок алар да, пайда да текшерүүгө жардам берет чечүү үчүн ачык чалууларды тартууга. Патент мыйзамы: Эми, биз дагы башка ар кандай жагдайда эле түзүлүштү көрөбүз. ачык чакыруу маселенин бул акыркы үлгүсү эле алар, албетте, сандык жактан мүмкүн эмес болсо, орнотуулар пайдаланылышы мүмкүн экенин көрсөтүп турат.
