5.3.2 Foldit

Foldit кызыктуу бир жол менен катышуу үчүн эмес эксперттерди берет бир белок-жата оюн.

Netflix сыйлыгы, ал эми ибараттуу жана ачык-айкын, ачык чакыруу долбоорлорду толук спектрин көрсөтүп эмес. Мисалы, Netflix сыйлыгына олуттуу катышуучуларынын көпчүлүгү статистикалык жана машина окуу жылы окутуу жыл тынчтык болду. Бирок, ачык чакыруу долбоорлор да Foldit, бир белок-жата оюн көрүнүп жатканда, эч таалим, тарбия да бар катышуучуларды тартууга болот.

Протеиндин эселенишинин амино-кислотадан турган тизмек абалда алат аркылуу болуп жатат. бул жараянды жакшы түшүнүү менен, биологдор дары катары колдонулушу мүмкүн конкреттүү калыпты протеиндерди жаратышы мүмкүн. бир аз жөнөкөйлөтүү, белоктор, алардын аз-энергетикалык түзүмүн көчүп кетип, ар кандай ыйынат балансын тарам жана белок (сүрөт 5.7) ичинде тарткылай берет. Ошентип, бир изилдөөчү бир белок, бүктөп турган өзгөрөт алдын алгысы келсе, чечим жөнөкөй угулат: жөн гана, бардык мүмкүн болгон тарам аракет жумшоого эсептөө, белок аз-энергетикалык түзүмүн алып, бүктөп болот деген пикирде. Тилекке каршы, бардык мүмкүн болгон тарам аракет болуучу Ырасталыштар миллиарддаган жана миллиарддаган бар, анткени эсептөө мүмкүн эмес. Ал тургай, колдо болгон абдан күчтүү эсептөө менен бүгүнкү жана жакынкы келечектеги аскердик гана иш алып бара албайт. Ошондуктан, биологдор натыйжалуу то-энергетикалык түзүмүн издеп көптөгөн акылдуу алгоритмдерди иштеп чыгышкан. Бирок, илимий жана эсептөө аракет массалык өлчөмүн карабастан, бул алгоритмдер дагы алда канча сонун болот.

Figure 5.7: Белоктордун жата. "DrKjaergaard" / сүрөтү сылыктык Wikimedia Commons .

Дөөтү Бейкер жана Линколн атындагы анын изилдөө тобу белок бүктөлүштөргө эсептөө мамилелерди түзүү үчүн иштеген окумуштуулардын коомчулуктун бир бөлүгү болгон. бир проектте Бейкер жана кесиптештери ыктыярдуу машыктыруучу белок окшотууга жардам берүү үчүн, аларды эсептөө боюнча пайдаланылбаган убакыт белекке жол системасы иштелип чыккан. Өз кезегинде, өз ыктыяры менен алардын маалымат алуу болуп белок окшотууга көрсөткөн Screensaver көрүү мүмкүн. Алар болсо, алар Компүтердин аткаруу боюнча жакшыртууга мүмкүн ойлору эсептөө алышы мүмкүн деп Бейкер жана кесиптештери бул ыктыярчылар нече жазган. Ошентип, Foldit баштаган (Hand 2010) .

Foldit адам ойной турган оюнга киришип протеин Бүктөмөлүүлүктүн жараянын баштайт. оюнчу көз карашы менен алганда, Foldit бир табышмак болуп көрүнөт (Figure 5,8). Оюнчулар протеин түзүлүшүндөгү бир үч өлчөмдүү кебинен менен берилген жана "Tweak," operations- аткара албайт "кыймылдатуу", анын саясый, башкача айтканда, "кайра куруу". Бул иштерди аткаруу менен оюнчулар кезеги жогорулайт же баа төмөндөйт, бул протеин калыбын өзгөртүү. Сын, көздөн учурдагы тартибин энергиясы боюнча эсептелет; төмөнкү-энергетикалык тарам жогорку упайлардын алып. Башка сөз менен айтканда, алар көздөн аз энергия Ырасталыштар издеп сыяктуу оюнчулар жол берет. Бул оюн үчүн гана Netflix сыйлыгынын белок Бүктөмөлүүлүктүн тасма рейтингдерин алдын ала болуп, ошондой эле аларды өндүрүү караганда жолдорун текшерүү үчүн жөнөкөй бир жагдай гана мүмкүн болот.

Figure 5.8: Foldit үчүн Оюн экран. http://www.fold.it уруксаты менен кайра.

Foldit анын көрктүүлүгү, долбоор эксперттери тарабынан иштелип чыккан мыкты алгоритмдердин менен атаандаша биохимия аз расмий билим менен оюнчуларды берет. көпчүлүк оюнчу тапшырманы өзгөчө жакшы эмес, ал эми өзгөчө болуп оюнчулар бир нече жеке оюнчулар жана чакан тобу бар. Чынында, Foldit оюнчулар жана мамлекеттик-заманбап алгоритмдердин ортосундагы баш-а-башчысы конкурска катышуучулар 5 ичинен 10 белок үчүн жакшы чечимдерди жараткан (Cooper et al. 2010) .

Foldit жана Netflix сыйлык көп жагынан ар түрдүү болот, бирок алар да пайда да текшерүүгө жардам берет чечүү үчүн ачык чалууларды кирет. Патент мыйзамы: Эми, биз дагы өтө ар түрдүү жөндөө эле түзүлүштү көрөбүз. ачык чакыруу маселенин бул акыркы үлгүсү бул ошондой эле, албетте, сандык жактан мүмкүн эмес болсо, жөндөөлөрдөн колдонулушу мүмкүн экенин көрсөтүп турат.