5.3.2 Foldit

Foldit არის ლამაზი ღია მოწოდება, რადგან ის საშუალებას არასამთავრობო ექსპერტების მონაწილეობის ისე, რომ არის fun.

Netflix პრიზი, ხოლო evocative და გასაგებია, არ ასახავს სრულ სპექტრს ღია მოწოდება პროექტები. მაგალითად, წელს Netflix პრიზი ყველაზე მეტად სერიოზული მონაწილეებს წლის სასწავლო სტატისტიკის და მანქანა სწავლის. მაგრამ, ღია მოწოდება პროექტებზე ასევე შეგიძლიათ მონაწილეები, რომელთაც არ აქვთ ფორმალური სწავლება, როგორც იქნა ილუსტრირებული მიერ Foldit, ცილის დასაკეცი თამაში.

Protein დასაკეცი არის პროცესი, რომლის მეშვეობითაც ჯაჭვის ამინომჟავების იღებს მისი ფორმის. უკეთ ამ პროცესში, ბიოლოგებს ვერ შეიმუშავებს ცილების კონკრეტული ფორმა, რომელიც შეიძლება გამოყენებულ იქნას, როგორც მედიცინაში. გამარტივება საკმაოდ მწირი, ცილები ტენდენცია გადაადგილება მათი ყველაზე დაბალი ენერგიის კონფიგურაციის, კონფიგურაცია, რომ ნაშთების სხვადასხვა ბიძგები და გაიყვანს ფარგლებში ცილის (ნახაზი 5.7). ასე რომ, თუ მკვლევარი სურს პროგნოზირება, თუ რა ფორმის, რომელშიც ცილის ჯერ, გამოსავალი ხმები მარტივია: უბრალოდ ცდილობენ ყველა შესაძლო კონფიგურაციის, გამოვთვალოთ მათი მივმართოთ, და პროგნოზირება, რომ ცილის ჯერ შევიდა ყველაზე დაბალი ენერგიის კონფიგურაცია. სამწუხაროდ, ეს უხეში ძალის მიდგომა, რომელიც მოიცავს ცდილობს ყველა შესაძლო კონფიგურაციის კომპიუტერულად შეუძლებელია, რადგან არსებობს მილიარდობით პოტენციური კონფიგურაციით. მიუხედავად იმისა, რომ ყველაზე ძლიერი კომპიუტერები დღეს და ახლო მომავალში უხეში ძალის უბრალოდ არ იმუშავებს. აქედან გამომდინარე, ბიოლოგები განვითარებული ბევრი ჭკვიანი ალგორითმები ეფექტურად ძიება ყველაზე დაბალი ენერგიის კონფიგურაცია. მაგრამ, მიუხედავად მასიური რაოდენობით სამეცნიერო და გამოთვლითი ძალისხმევა, ეს ალგორითმები ჯერ კიდევ შორსაა.

Figure 5.7: ცილის დასაკეცი. იმიჯი შეიქმნა და მოთავსებული შევიდა საზოგადოებრივ დომენში "DrKjaergaard". წყარო: ვიკიპედია .

დავით Baker და მისი კვლევის ჯგუფის ვაშინგტონის უნივერსიტეტის ნაწილი იყო სამეცნიერო საზოგადოების მუშაობის განვითარება უკეთესი გამოთვლითი მიდგომები ცილის დასაკეცი. იმისათვის, რომ აკონტროლოთ რა ხდებოდა, ხოლო მათი ალგორითმები იყო ენერგია მოშორებით, მცხობელი და მისი ჯგუფი, ზოგჯერ უყუროთ screen-saver, რომ ვიზუალურად პროგრესი მათი ალგორითმები. მიუხედავად იმისა, რომ თვალს ამ თვალსაჩინოება, Baker დაიწყო მაინტერესებს, შესაძლებელი იქნება, რომ ადამიანებს დავეხმაროთ ამ პროცესში, და ამგვარად დაიწყო Foldit, შემოქმედებითი და ლამაზი ღია მოწოდება (Hand 2010) .

Foldit გამოდის პროცესში ცილის დასაკეცი შევიდა თამაში, რომელიც შეიძლება ითამაშა არავის. პერსპექტივა მოთამაშე, Foldit, როგორც ჩანს, თავსატეხი (ნახაზი 5.8). მოთამაშეებს ეძლევათ სამგანზომილებიანი tangle ცილის სტრუქტურა და შეუძლია შეასრულოს მოთხოვნები, "tweak", "wiggle", "აღვადგინოთ", ანუ შეცვალოს თავისი ფორმის. ასრულებენ ამ ოპერაციების მოთამაშე ფორმის შეცვლა ცილა, რომელიც, თავის მხრივ, ზრდის ან ამცირებს მათი ანგარიში. მნიშვნელოვანია, რომ ქულა გამოითვლება საფუძველზე ენერგიის დონეზე მიმდინარე კონფიგურაცია; ქვედა ენერგეტიკული კონფიგურაციის გამოიწვიოს უმაღლესი ქულა. სხვა სიტყვებით, ანგარიში ეხმარება უხელმძღვანელებს მოთამაშეებს, რადგან ისინი ძიება დაბალი ენერგეტიკული სიხშირე. ეს თამაში არის მხოლოდ შესაძლებელია, რადგან-ისევე როგორც პროგნოზირების ფილმის რეიტინგები Netflix პრემია ცილის დასაკეცი ასევე სიტუაცია, სადაც ეს არის ადვილი, რათა შეამოწმოს გადაწყვეტილებები, ვიდრე გენერირება მათ.

Figure 5.8 თამაშის ეკრანზე Foldit.

Foldit დახვეწილი დიზაინი საშუალებას მოთამაშეებს პატარა ფორმალური ცოდნა ბიოქიმია კონკურენციას საუკეთესო ალგორითმების შექმნილია ექსპერტების მიერ. მიუხედავად იმისა საუკეთესო მოთამაშე არ არის განსაკუთრებით კარგი ამოცანა, არსებობს რამდენიმე მოთამაშე და მცირე გუნდი მოთამაშეებს, რომლებიც განსაკუთრებული. ფაქტობრივად, ხელმძღვანელი-ის ხელმძღვანელი კონკურსის პროგნოზირება სტრუქტურა 10 კონკრეტული ცილები, Foldit მოთამაშეებს შეეძლოთ სცემეს სახელმწიფო- of-the-art ცილის დასაკეცი ალგორითმები ხუთჯერ (Cooper et al. 2010) .

Foldit და Netflix პრიზი სხვადასხვა მრავალმხრივ, მაგრამ ისინი ორივე ჩართვა ღია მოწოდებები გადაწყვეტილებები, რომლებიც უფრო ადვილად ნახოთ ვიდრე გენერირება. ახლა, ჩვენ ვხედავთ, იგივე სტრუქტურა კიდევ ერთი ძალიან სხვადასხვა გარემოში: საპატენტო კანონი. ეს საბოლოო მაგალითად ღია კონკურსის პრობლემა გვიჩვენებს, რომ ისინი ასევე შეიძლება გამოყენებული პარამეტრები, რომლებიც აშკარად არ ემორჩილებიან რაოდენობრივი.