5.3.2 Foldit

Foldit telpon mbukak ayu amarga mbisakake non-ahli kanggo melu ing cara sing nyenengake.

Netflix Prize, nalika evocative lan langit, ora nggambaraké sawetara sing kebak proyèk telpon mbukak. Contone, ing Hadhiah Netflix paling saka peserta serius wis taun training in statistik lan learning machine. Nanging, proyèk telpon mbukak uga bisa ndherek peserta sing ora latihan formal, minangka iki gambaran dening Foldit, a lempitan game protein.

Protein lempitan proses liwat kang chain saka asam amino njupuk ing sawijining wangun. Kanthi pangerten luwih saka proses iki, biologis bisa desain protein karo manéka tartamtu sing bisa dianggo obat. Simplifying cukup sing dicokot, protein kathah kanggo ngalih menyang konfigurasi energi paling, konfigurasi sing saldo warna nyurung lan narik ing protein (Figure 5.7). Dadi, yen peneliti kepengin kanggo mrédhiksi apa wangun dadi kang protein sing bakal melu, solusi muni prasaja: mung nyoba kabeh konfigurasi bisa, ngetung tenogo, lan prédhiksi sing protein bakal melu menyang konfigurasi energi paling. Sayange, pendekatan brute pasukan iki sing melu nyoba kabeh konfigurasi bisa iku komputasi mokal amarga ana milyar lan milyaran konfigurasi potensial. Malah karo komputer paling kuat kasedhiya dina-lan ing pasukan mangsa-brute foreseeable mung ora arep bisa. Mulane, biologis gawe akeh kalkulus pinter kanggo luwih irit nelusuri ing konfigurasi energi paling. Nanging, senadyan massive Jumlah saka gaweyan ngelmu lan komputasional, kalkulus iki isih adoh saka sampurna.

Figure 5.7: Protein lempitan. Gambar iki digawe lan diselehake menyang domain umum déning "DrKjaergaard". Source: Wikimedia Commons .

David Baker lan kelompok riset ing Universitas Washington iku bagéan saka komunitas ilmuwan ngupaya kanggo ngembangaké cedhak komputasional luwih kanggo protein lempitan. Supaya kanggo trek apa iki kedados nalika kalkulus padha cranking adoh, Baker lan klompok sok-sok nonton layar-saver sing visualized kemajuan kalkulus. Nalika nonton Visualizations iki, Baker wiwit wonder apa iku bakal bisa kanggo manungsa kanggo ing proses, lan kanthi mangkono wiwit Foldit, telpon mbukak kreatif lan ayu (Hand 2010) .

Foldit dadi proses protein lempitan menyang game sing bisa diputer dening sapa. Saka perspektif saka pamuter, Foldit katon dadi teka-teki (Figure 5.8). Pemain sing presented karo tangle telung dimensi saka struktur protein lan bisa nindakake operations- "ngapiki", "wiggle", "mbangun" -that ngganti sawijining wangun. Miturut Performing iki pemain ngganti wujud saka protein ing, kang siji mundhak utawa sudo skor sing. Kritis, skor wis diwilang adhedhasar energi-tingkat konfigurasi saiki; konfigurasi ngisor-energi kasil nilai luwih. Ing tembung liyane, skor mbantu nuntun pemain ingkang madosi konfigurasi kurang-energi. game iki mung bisa amarga-kaya ngiro-iro ratings movie ing Netflix hadiah-protein lempitan uga kahanan ngendi iku luwih gampang kanggo mriksa solusi saka nguripake wong.

Figure 5.8: layar Game kanggo Foldit.

desain elegan Foldit kang mbisakake pemain karo sethitik kawruh formal ing biokimia saingan karo kalkulus paling dirancang dening ahli. Nalika paling pemain ora utamané apik ing tugas, ana sawetara pemain lan tim cilik pemain sing ngédap. Ing kasunyatan, ing kompetisi sirah-kanggo-sirah kanggo mrédhiksi struktur 10 protein tartamtu, pemain Foldit padha bisa kanggo ngalahake negara-saka-saka-gambar kalkulus protein lempitan kaping lima (Cooper et al. 2010) .

Foldit lan hadiah Netflix sing beda-beda ing akeh cara, nanging wong loro ndherek telpon mbukak kanggo solusi sing luwih gampang kanggo mriksa saka generate. Saiki, kita bakal weruh struktur sing padha ing durung liyane setelan beda banget: hukum paten. Contone Final saka masalah telpon mbukak nuduhake yen padha bisa uga digunakake ing setelan sing ora temenan amenable kanggo kualifikasi.