5.3.2 Foldit
Foldit er falleg opinn símtal vegna þess að það gerir ekki-sérfræðinga til að taka þátt á þann hátt sem er gaman.
The Netflix Prize, en kallar og ljóst, ekki sýna alhliða opnum verkefnum kalla. Til dæmis, í Netflix verðlaunin flest alvarlegustu þátttakenda höfðu margra ára þjálfun í tölfræði og vél nám. En, opinn kalla verkefni geta einnig falið í sér þátttakendur sem hafa enga formlega þjálfun, eins og var sýnt með Foldit, leggja saman prótein leik.
Prótein leggja saman er ferli þar sem a keðju amínósýra tekur á lögun sinni. Með betri skilning á þessu ferli, líffræðingar gætu hanna prótín með tilteknum stærðum sem hægt er að nota sem lyf. Einföldun töluvert, hafa tilhneigingu prótein til að fara lægsta orku uppsetningu þeirra, sem stillingar sem jafnar ýmsa ýtir og togar innan prótein (mynd 5.7). Svo, ef rannsakandinn vill að spá hvað lögun inn sem prótein mun brjóta, lausnin hljómar einfalt: bara að reyna allar mögulegar stillingar, reikna krafta sína, og spá því að prótein mun brjóta í neðstu orku stillingu. Því miður, þetta skepna afl aðferð sem felur í sér að reyna allar mögulegar stillingar er computationally ómögulegt vegna þess að það eru billjón og milljarða hugsanlegra stillingar. Jafnvel með öflugustu tölvum boði í dag-og í fyrirsjáanlegri framtíð-skepna afl er bara ekki að fara að vinna. Þess vegna hafa líffræðingar þróað margar snjall reiknirit til að duglegur að leita að lægsta orku stillingu. En, þrátt fyrir gríðarlegu magni af vísinda og computational fyrirhöfn, eru þessar reiknirit enn langt frá því fullkominn.
Mynd 5.7: Protein leggja saman. Myndin var búin og sett inn almenningi með "DrKjaergaard". Heimild: Wikimedia Commons .
David Baker og rannsóknarhópur hans við University of Washington voru hluti af samfélagi vísindamanna sem starfa að þróa betri computational aðferðir til prótein leggja saman. Til að fylgjast með hvað var að gerast en reiknirit þeirra voru cranking burtu, Baker og hópur hans væri stundum að horfa a skjár bjargvættur sem visualized framvindu reiknirit þeirra. Þó að horfa á þessa sjónræn, Baker fór að velta fyrir hvort það væri mögulegt fyrir menn til að hjálpa í því ferli, og þannig byrjaði Foldit, skapandi og fallegt opinn kalla (Hand 2010) .
Foldit snýr ferli prótein leggja saman í leik sem hægt er að spila með neinum. Frá sjónarhóli leikmaður, Foldit virðist vera ráðgáta (mynd 5.8). Leikmenn eru kynnt með þrívítt flækja af uppbyggingu prótein og geta framkvæma operations- "fínstilla", "wiggle", "vélarinnar" -Það breytir lögun sinni. Með því að framkvæma þessar aðgerðir leikmenn breyta lögun af the prótein, sem eykst snúa eða minnkar skora. Gagnrýnin, staðan er reiknað miðað við orku-stigi núverandi stillingar; minni orka stillingar leitt til hærri stig. Með öðrum orðum, staðan hjálpar leiða leikmenn sem þeir leita að stillingar lítilli orku. Þessi leikur er aðeins möguleg vegna-bara eins spá bíómynd einkunnir í Netflix Prize-prótein leggja saman er líka ástandið þar sem það er auðveldara að athuga lausnir en að búa þeim.
Mynd 5.8: Game skjár fyrir Foldit.
Foldit er glæsilegur hönnun gerir leikmenn með litla formlega þekkingu á lífefnafræði til að keppa við bestu reiknirit hannað af sérfræðingum. Þó flestir leikmenn eru ekki sérstaklega góður á verkefni, það eru nokkrir leikmenn og litlar sveitir leikmenn sem eru einstök. Í staðreynd, í höfuð-til-höfuð samkeppni að spá fyrir um uppbyggingu 10 sérstökum próteinum, Foldit leikmenn gátu að slá ástand-af-the-list prótein leggja saman reiknirit fimm sinnum (Cooper et al. 2010) .
Foldit og Netflix verðlaun eru mismunandi á margan hátt, en þeir báðir falið opinn kallar lausnum sem er auðveldara að athuga en að búa. Nú munum við sjá sömu uppbyggingu í enn eitt mjög mismunandi stilling: einkaleyfi lögum. Þessi endanleg dæmi um opið boð vandamál sýnir að þeir geta einnig vera notaður í stillingum sem eru ekki augljóslega unnt að magnákvörðunar.
