5.3.2 Foldit

Igwe nchekwa bụ ihe na-enye protein na-enyere ndị na-abụghị ndị ọkachamara aka itinye aka n'ụzọ na-atọ ụtọ.

The Netflix Prize, mgbe ọ na-agba ọsọ ma doo anya, adịghị egosi ihe dị iche iche nke ọrụ oku na-emeghe. Dịka ọmụmaatụ, na Nrite Netflix ọtụtụ n'ime ndị dị oké ọnụ ahịa nwere ọtụtụ ọzụzụ na ọnụ ọgụgụ na igwe na-amụ ihe. Ma, ọrụ ịkpọghe na-emeghe nwere ike ịgụnye ndị na-enweghị ọzụzụ ọzụzụ, dị ka Foldit, ihe egwuregwu protein-folding gosipụtara.

Ntinye akwụkwọ Protein bụ usoro nke usoro amino acids na-eji ya. N'iji nghọta nke ọma banyere usoro a, ndị ọkà mmụta sayensị nwere ike ịmepụta ndị na-edozi ahụ na ụdị ụfọdụ a pụrụ iji dịka ọgwụ. Na-eme ka ihe dị mfe, ndị na-edozi na-agafe na nhazi ha nke kachasị ike, nhazi nke na-edozi ihe dị iche iche ma dọba n'ime protein (nọmba 5.7). Ya mere, ọ bụrụ na onye na-eme nchọpụta chọrọ ịkọ ọdịdị nke protein ga-agbaji, ihe ngwọta ahụ dị mfe: gbalịsie ike ịhazi nkwenye niile, gbakọọ ike ha, ma kwuo na protein ahụ ga-abanye n'ime nhazi nke ike. O bu ihe nwute, na-acho ihe nile o bula nwere ike ime ka o kwe omume n'ihi na e nwere ijeri mmadu ijeri. Ọbụna na kọmputa ndị kachasị ike taa - na ike a ga-enwe n'ọdịnihu ga-eme n'ọdịnihu na-agaghị arụ ọrụ. Ya mere, ndị ọkà mmụta sayensị emepụtawo ọtụtụ ndị algorithms dị nkọ iji chọọ nke ọma maka nhazi nhazi nke ala. Ma, n'agbanyeghị oke nchịkọta sayensị na ịkọ ọrụ, ndị algọridim ndị a ka dị anya site na izu okè.

Akara 5.7: mpịakọta Protein. Foto ngosi nke "DrKjaergaard" / Wikimedia Commons .

David Baker na otu ndị na-eme nchọpụta na Mahadum nke Washington bụ akụkụ nke ndị ọkà mmụta sayensị na-arụ ọrụ iji mepụta usoro ịbịakwute na ntinye akwụkwọ protein. N'ime otu oru ngo, Baker na ndị ọrụ ibe ha mepụtara usoro nke nyere ndị ọrụ afọ ofufo aka inye oge ha na kọmputa ha iji mee ka ha nwee ike inye protein ntinye. Na nloghachi, ndị ọrụ afọ ofufo ahụ nwere ike ikiri ihe ntanetịime na-egosi protin protein nke na-eme na kọmputa ha. Ọtụtụ n'ime ndị ọrụ afọ ofufo a dere akwụkwọ na Baker na ndị ọrụ ibe ha na-ekwu na ha na-eche na ha nwere ike imeziwanye na arụmọrụ kọmputa ma ọ bụrụ na ha nwere ike itinye aka na nchịkọta. Ma si otú a malite Foldit (Hand 2010) .

Igwe nchekwa na-agbanwe usoro ntinye protein n'ime egwuregwu nke onye ọ bụla nwere ike ịkpọ. Site na onye ọkpụkpọ ahụ, Foldit yiri ka ọ bụ ihe mgbagwoju anya (ọnụ ọgụgụ 5.8). A na-enye ndị na-egwu egwuregwu atọ nke protein protein ma nwee ike ịrụ arụmọrụ- "tweak," "wiggle," "wughachi" - nke na-agbanwe ọdịdị ya. Site n'ịrụ ọrụ ndị a, ndị ọrụ na-agbanwe ọdịdị nke protein ahụ, nke nke ahụ na-emewanye ma ọ bụ na-ebelata akara ha. N'ụzọ dị mkpirikpi, a na-agbakọ akara ahụ dabere na ọkwa ike nke nhazi ugbu a; Ntọala nkwado ala na-akpata ọkwa dị elu karị. N'ikwu ya n'ụzọ ọzọ, akara ahụ na-enye aka na-eduzi ndị egwuregwu ahụ ka ha na-achọ nhazi nkwenye ala. Egwuregwu a ga-ekwe omume n'ihi na - dịka ịkọwa maka fim nkiri na Netflix Prize-protein folding bụkwa ọnọdụ ebe ọ dị mfe ịlele ngwọta karịa igbanye ha.

Akara 5.8: Ihuenyo egwuregwu maka Foldit. Edeghachiri site na ikikere site na http://www.fold.it.

Ngwunye nke mara mma na-eme ka ndị egwuregwu nwee obere ihe ọmụma nke biochemistry iji merie ndị kasị mma algọridim ndị ọkachamara mere. Ọ bụ ezie na ọtụtụ ndị egwuregwu adịghị mma maka ọrụ ahụ, e nwere mmadụ ole na ole na-egwu egwuregwu na obere ìgwè egwuregwu ndị dị iche. N'ezie, na asọmpi isi n'etiti ndị nchekwa Foldit na nke algorithms nke ala, ndị egwuregwu mepụtara ngwọta dị mma maka protein 5 n'ime 10 (Cooper et al. 2010) .

Ndabere na Nrite Netflix dị iche iche n'ọtụtụ ụzọ, mana ha abụọ na-agụnye oghe na-akpọ maka ngwọta ndị dị mfe nlele karịa nhazi. Ugbu a, anyị ga-ahụ otu ihe ahụ na mpaghara ọzọ dị iche iche: iwu patent. Ihe njedebe ikpeazụ nke nsogbu oku a na-emeghe na-egosi na a pụkwara iji usoro a mee ihe ndị na-apụtaghị na ha nwere ike ịhazi.