5.3.2 Foldit

Foldit se yon bèl rele louvri paske li pèmèt ki pa ekspè yo patisipe nan yon fason ki se plezi.

Prize la Netflix, pandan y ap evok epi ki klè, pa montre seri a plen nan pwojè rele louvri. Pou egzanp, nan Prize la Netflix pi fò nan patisipan yo grav te gen ane nan fòmasyon nan estatistik ak aprantisaj machin. Men, pwojè louvri apèl kapab tou gen pou wè ak patisipan ki pa gen okenn fòmasyon fòmèl, jan sa te ilistre pa Foldit, yon pwoteyin plisman jwèt.

plisman Pwoteyin se pwosesis la nan ki yon chèn nan asid amine pran sou fòm li yo. Ak yon pi bon konprann nan pwosesis sa a, byolojis te kapab konsepsyon pwoteyin ak fòm espesifik ki te kapab itilize kòm medikaman. Senplifye byen yon ti jan, pwoteyin yo gen tandans pou yo avanse pou pi ba konfigirasyon enèji yo, yon konfigirasyon ki balanse pouse yo ak divès kalite rale nan pwoteyin lan (Figi 5.7). Se konsa, si yon chèchè vle predi kisa ki fòm nan ki yon pwoteyin pral pliye, solisyon an son senp: jis eseye tout konfigirasyon posib, kalkile enèji yo, epi yo predi ke pwoteyin a ap pliye nan configuration la, te enèji pi ba a. Malerezman, sa a apwòch fòs brital ki enplike nan ap eseye tout konfigirasyon posib se kalkil enposib paske gen billions and billions nan konfigirasyon potansyèl yo. Menm ak òdinatè yo ki pi pwisan ki disponib jodi a-yo ak nan fòs nan prévisible lavni-brital se jis pa ale nan travay. Se poutèt sa, byolojis yo te devlope anpil algoritm entelijan avèk efikasite rechèch pou configuration la, te enèji pi ba a. Men, malgre kantite lajan masiv nan efò syantifik ak enfòmatik, algoritm sa yo, se toujou lwen soti nan pafè.

Figi 5.7: plisman Pwoteyin. Imaj te kreye epi yo mete yo nan domèn piblik pa "DrKjaergaard". Sous: Wikimedia Commons .

David Baker ak gwoup rechèch li nan University of Washington te yon pati nan kominote a nan syantis ap travay yo devlope pi bon apwòch enfòmatik plisman pwoteyin. Yo nan lòd yo swiv sa ki te pase pandan y ap algoritm yo te demaraj lwen, Baker ak gwoup li a ta detanzantan gade yon ekran-ekonomizeur ki vizualiz pwogrè a nan algoritm yo. Pandan l ap gade vizuèl sa yo, Baker yo te kòmanse mande si li ta posib pou moun ede nan pwosesis la, epi konsa te kòmanse Foldit, se yon kreyatif ak bèl rele louvri (Hand 2010) .

Foldit vire pwosesis la nan plisman pwoteyin nan yon jwèt ki kapab te jwe pa nenpòt ki moun. Nan pèspektiv a nan jwè a, Foldit parèt yo dwe yon devinèt (Figi 5.8). Jwè yo ap prezante ak yon mele ki genyen twa dimansyon nan estrikti pwoteyin, ak ka fè Operasyon- "ajiste", "tortiye", "rekonstruir" -ki chanje fòm li yo. Pa fè operasyon sa yo jwè chanje fòm nan nan pwoteyin lan, ki nan ogmante vire oswa diminye nòt yo. Kritik, se nòt la kalkile ki baze sou nivo a enèji-nan konfigirasyon aktyèl la; konfigirasyon pi ba-enèji rezilta nan pi gwo nòt. Nan lòt mo, nòt nan ede gide jwè yo menm jan yo rechèch pou konfigirasyon ki ba-enèji. Jwèt sa a se sèlman posib paske-jis tankou predi ke evalyasyon fim nan Netflix plisman nan Prize-pwoteyin se tou yon sitiyasyon kote li se pi fasil yo tcheke solisyon pase jenere yo.

Figi 5.8: jwèt ekran pou Foldit.

konsepsyon elegant Foldit a pèmèt jwè yo ak ti kras konesans fòmèl pou byochimik fè konpetisyon ak algoritm yo pi byen fèt pa ekspè nan. Pandan ke pi fò jwè yo pa patikilyèman bon nan travay la, gen yon jwè kèk ak ekip ti nan jwè ki eksepsyonèl. An reyalite, nan yon konpetisyon tèt-a-tèt nou ka prevwa estrikti a nan 10 pwoteyin espesifik, Foldit jwè yo te kapab bat eta-of-atizay la-algoritm pwoteyin plisman senk fwa (Cooper et al. 2010) .

Foldit ak pwi an Netflix yo diferan nan plizyè fason, men yo tou de gen pou wè ak apèl louvri pou solisyon ki pi fasil yo tcheke pase jenere. Koulye a, nou pral wè estrikti a menm nan ankò yon lòt anviwònman trè diferan: lalwa patant. Sa a egzanp final la nan yon pwoblèm apèl louvri montre yo ke yo ka tou gen pou itilize nan anviwònman ki pa evidamman prèt nan dozaj.