5.3.2 Foldit
Foldit je lijep otvoreni poziv jer omogućava nisu stručnjaci za sudjelovanje na način da je zabavno.
Netflix nagrada, a podsjeća i jasan, ne ilustriraju cijeli niz otvorenih poziva projekata. Na primjer, u Netflix nagradu većina ozbiljnih sudionici su imali godina treninga u statistici i strojnom učenju. No, otvoreno poziva projekti mogu uključivati sudionike koji nemaju formalno obrazovanje, kao što je prikazano Foldit, protein folding igre.
Protein folding je proces kroz koji lanac aminokiselina preuzima njegov oblik. Uz bolje razumijevanje tog procesa, biolozi mogu dizajnirati proteine sa specifičnim oblicima koji bi se mogao koristiti kao lijek. Pojednostavljivanje vrlo malo, proteini imaju tendenciju da se presele na njihovu najnižu konfiguraciju energije, konfiguraciji koja balansira različite guranje i vučenje unutar proteina (slika 5.7). Dakle, ako je istraživač želi predvidjeti što oblik u koji protein će odustati, rješenje zvuči jednostavno: samo pokušati sve moguće konfiguracije, izračunati svoju energiju, te predviđaju da protein će puta u najniži oblik energije. Nažalost, to nasilje pristup koji uključuje pokušava sve moguće konfiguracije je računski nemoguće jer postoje milijarde i milijarde mogućih konfiguracija. Čak i uz najmoćnijih računala dostupna danas-a u skoroj budućnosti na silu se jednostavno ne ide na posao. Dakle, biolozi su razvili mnoge pametne algoritme za učinkovito tražiti najnižu konfiguraciju energije. No, unatoč masivnim količinama znanstvene i računalnog truda, ovi algoritmi su još uvijek daleko od savršenog.
Slika 5.7: Protein folding. Slika je izrađen i stavljen u javnu domenu "DrKjaergaard". Izvor: Wikimedia Commons .
David Baker i njegova istraživačka skupina na Sveučilištu u Washingtonu bili dio zajednice znanstvenika koji rade razvijati bolje računalne pristupa slaganju proteina. Da bi pratili što se događa dok su njihovi algoritmi su pucanja daleko, Baker i njegova skupina povremeno pogledati screen-saver koji vizualiziranog napredak svojih algoritama. Dok gledate ove vizualizacije, Baker se počela pitati hoće li to biti moguće za ljude da pomogne u tom procesu, i tako je počelo Foldit, kreativni i lijepi otvoreni poziv (Hand 2010) .
Foldit pretvara proces slaganju proteina u igri koja se može igrati bilo tko. Iz perspektive igrača, Foldit Čini se da je zagonetka (Slika 5.8). Igrači su prezentirani s trodimenzionalnom splet strukture proteina i može izvesti dijelovi poslovanja "štipanje", "mrdati", "obnovi" -to promijeniti svoj oblik. Izvođenjem ove operacije igrači mijenjaju oblik proteina, što opet povećava ili smanjuje njihov rezultat. Kritički, rezultat se izračunava na temelju energetske razine trenutne konfiguracije; niže energetske konfiguracije rezultirati višim ocjenama. Drugim riječima, rezultat pomaže voditi igrače kao što su tražiti niskoenergetskih konfiguracije. Ova igra je moguće samo zato što, baš kao predviđanje filmske ocjene u Netflix nagrade slaganju proteina je i situacija u kojoj je lakše provjeriti rješenja nego ih stvaraju.
Slika 5.8: Game zaslon za Foldit.
Foldit elegantan dizajn omogućuje igračima s malo formalnog znanja biokemije da se natječu s najboljim algoritama dizajniran od strane stručnjaka. Dok većina igrača nisu osobito dobri u zadatak, postoji nekoliko igrača i mali timovi od igrača koji su iznimne. U stvari, u head-to-head natjecanja predvidjeti strukturu od 10 specifičnih proteina, Foldit igrači bili u stanju pobijediti state-of-the-art slaganju proteina algoritama pet puta (Cooper et al. 2010) .
Foldit a nagrada Netflix su različiti na mnogo načina, ali su obojica uključuju otvorene pozive za rješenja koja su lakše provjeriti nego stvaraju. Sada ćemo vidjeti istu strukturu u još jednoj vrlo različitim postavka: patentnog prava. Ova konačna primjer otvorenog problema poziva pokazuje da su se također mogu koristiti u postavke koje nisu očigledno prikladan za kvantifikaciju.
