5.3.2 Foldit

Foldit àlainn gairm fhosgailte oir tha ea 'leigeil neo-eòlaichean gus pàirt a ghabhail ann an dòigh a tha spòrsail.

Tha Netflix Duais, fhad 'sa bha drùidhteach agus soilleir, chan eil a' sealltainn an làn raon de phròiseactan fosgailte ghairm. Mar eisimpleir, ann an Netflix Duais mhòr-chuid de na com-pàirtichean a bha droch bliadhna trèanaidh ann an staitistig agus inneal-ionnsachaidh. Ach, gairm fhosgailte pròiseactan urrainn cuideachd gabhail a-steach com-pàirtichean aig nach eil trèanadh foirmeil, mar a chaidh a dhealbhachadh le Foldit, pròtain pasgadh geama.

Pròtain pasgadh tha a 'phròiseas tro a bheil an t-seine a' gabhail ri tachartasan shearbhagan amino air a cumadh. Le tuigse nas fheàrr den phròiseas seo, dh'fhaodadh eòlaichean pròtainean a dhealbhadh le cumaidhean sònraichte a dh'fhaodadh a bhith air a chleachdadh mar stuth-leigheis. A dhèanamh nas sìmplidhe buileach beagan, pròtainean buailteach a bhith a 'gluasad gu an ìre as ìsle lùth rèiteachaidh, a rèiteachadh gu bheil cothromachadh na diofar pushes agus slaodadh air taobh a-staigh na pròtain (Figear 5.7). Mar sin, ma tha neach-rannsachaidh ag iarraidh a ràdh le cinnt dè an cumadh a-steach a pròtain Bidh paisgte, a 'fuasgladh fuaimean furasta: dìreach a' feuchainn a h-uile ghabhas dhealbhadh, obraich a-mach an neart, agus ro-innse gum bidh a 'pròtain paisg a-steach as ìsle lùth rèiteachaidh. Gu mì-fhortanach, seo cumhachd brùideil dòigh-obrach a bhith a 'feuchainn a h-uile ghabhas rèiteachadh a tha do-dhèanta computationally oir tha billeanan agus billeanan de a dh'fhaodadh a bhith rèiteachadh. Fiù 's leis a' chuid as motha de choimpiutairean cumhachdach ri fhaotainn an-diugh-agus ann an aithghearrachd-bhèisd forsa a-mhàin Chan eil dol a dh'obair. Uime sin, eòlaichean air leasachadh mòran tapaidh aontaran gu h-èifeachdach lorg as ìsle lùth rèiteachaidh. Ach, a dh'aindeoin suimean mòra de saidheansail agus computational oidhirp,-aontaran sin fhathast fada bho foirfe.

Figear 5.7: pròtain pasgadh. Ìomhaigh chaidh a chruthachadh agus a chur a-steach do raon phoblach le bhith a "DrKjaergaard". Source: Wikimedia Commons .

David Baker agus a 'bhuidheann rannsachaidh aig Oilthigh Washington bha mar phàirt den choimhearsnachd de luchd-saidheans ag obair a' leasachadh mhodhan nas fheàrr computational gu pròtain pasgadh. Gus sùil a chumail air dè bha a 'tachairt fhad' sa bha aca aontaran cranking air falbh, Baker agus a bhuidheann a bhiodh uaireannan a 'coimhead air glacadh-Saver gu bheil ìomhaigh an adhartas aca aontaran. Fhad 'sa bha sin a' coimhead visualizations, Baker thòisich Saoil am biodh e comasach dha daoine gus cuideachadh anns a 'phròiseas, agus mar sin thòisich Foldit, cruthachail is àlainn gairm fhosgailte (Hand 2010) .

Foldit 'tionndadh am pròiseas pròtain pasgadh a-steach gèam a dh'fhaodas a bhith air a chluich le duine sam bith. Bho shealladh an cluicheadair, Foldit coltach ri tòimhseachain (Figear 5.8). Cluicheadairean air an taisbeanadh le trì-thaobhach Tangle pròtain structar agus coileanadh urrainn operations- "tweak", "wiggle", "Ath-thog a" -that atharrachadh cumadh. Le bhith a 'coileanadh obair sin cluicheadairean atharrachadh cruth na pròtain, a tha ann meudachadh no a' lughdachadh an sgòr. Breithneachail, an sgòr a thomhas stèidhichte air an lùth-ìre an-dràsta; na b 'ìsle lùth-rèiteachadh a' ciallachadh ann an àrd-ficheadan. Ann am briathran eile, tha an sgòr a 'cuideachadh le stiùireadh na cluicheadairean mar a tha iad a' lorg lùth-ìosal dhealbhadh. Seo geama a tha a-mhàin comasach air sgàth-dìreach mar fiosachd movie lèir ann an Netflix Duais-pròtain pasgadh e cuideachd an suidheachadh far a bheil e nas fhasa sùil a thoirt air na fuasglaidhean a ghineadh iad.

Figear 5.8: Game screen airson Foldit.

Foldit aig grinn dealbhadh a 'leigeil le cluicheadairean beag foirmeil eòlas biochemistry farpais ris as fheàrr aontaran a dhealbhachadh le eòlaichean. Ged a chuid as motha de na cluicheadairean nach eil math gu h-àraidh aig an obair, tha beagan cluicheadairean is sgiobaidhean beaga de chluicheadairean a tha sònraichte. Gu dearbh, ann an ceann-ri-ceann farpais a ràdh le cinnt an structar 10 sònraichte pròtainean, Foldit cluicheadairean b 'urrainn dhaibh a' chùis air staid-na-h-ealain pròtain pasgadh-aontaran còig tursan (Cooper et al. 2010) .

Foldit Netflix agus an duais a tha eadar-dhealaichte ann an iomadh dòigh, ach tha iad a 'gabhail a-steach an dà chuid fosgailte gairmean airson fhuasglaidhean a tha nas fhasa sùil a thoirt air na ghineadh. A-nis, chì sinn an aon structar eile ann fhathast glè eadar-dhealaichte suidheachadh: peutant lagh. Tha seo a 'chuairt dheireannach eisimpleir de gairm fhosgailte duilgheadas a' sealltainn gun urrainn dhaibh cuideachd a bhith air a chleachdadh ann an suidheachaidhean nach eil follaiseach fosgailte to dh'fhuasgladh tomhas.