5.3.2 Foldit

Is cluiche fillte próitéine é Foldit a chuireann ar chumas neamh-shaineolaithe páirt a ghlacadh ar bhealach atá spraoi.

Ní léiríonn Duais Netflix, cé nach bhfuil sé soiléir agus soiléir, an raon iomlán tionscadal glaonna oscailte. Mar shampla, i nGradaim Netflix bhí blianta oiliúna i staitisticí agus i bhfoghlaim meaisíní ag formhór na rannpháirtithe tromchúiseacha. Ach, is féidir rannpháirtithe a bheith páirteach i dtionscadail glao oscailte nach bhfuil aon oiliúint fhoirmiúil acu, mar a léirigh Foldit, cluiche fillte próitéine.

Is é próiséad fillte an próiseas trína ndéantar slabhra aimínaigéid ar a chruth. Le tuiscint níos fearr ar an bpróiseas seo, d'fhéadfadh bitheolaithe próitéiní a dhearadh le cruthanna sonracha a d'fhéadfaí a úsáid mar leigheasanna. Is minic a shimpliú beagán próitéiní a bhíonn ag gluaiseacht go dtí a n-chumraíocht fuinnimh is ísle, cumraíocht a chothromaíonn na pushes éagsúla agus a tharraingíonn laistigh den phróitéin (figiúr 5.7). Mar sin, má tá taighdeoir ag iarraidh a thuar an cruth ina mbeidh próitéin ag filleadh, fuaimeann an réiteach simplí: déan iarracht gach cumraíocht is féidir a dhéanamh, a gcuid fuinnimh a ríomh, agus tuar go mbeidh an próitéin ag filleadh isteach sa chumraíocht fuinnimh is ísle. Ar an drochuair, níl sé dodhéanta go ríomhairiúil ag iarraidh gach cumraíocht is féidir toisc go bhfuil billiúin agus billiúin de chumraíochtaí ionchasacha ann. Fiú amháin leis na ríomhairí is cumhachtaí atá ar fáil inniu-agus sa todhchaí atá le feiceáil go fóill, níl sé ag obair go fóill. Dá bhrí sin, d'fhorbair bitheolaithe go leor halgartaim chliste chun cuardach éifeachtach a dhéanamh ar chumraíocht an fhuinnimh is ísle. Ach, in ainneoin líon ollmhór iarrachtaí eolaíochta agus ríomhaireachta, tá na halgartaim seo fós i bhfad ó foirfe.

Fíor 5.7: Fillte próitéine. Cúirtéis le "DrKjaergaard" / Wikimedia Commons .

Bhí David Baker agus a ghrúpa taighde ag Ollscoil Washington mar chuid den phobal eolaithe a bhí ag obair chun cur chuige ríomhaíochta a chruthú maidir le fillte próitéine. I dtionscadal amháin, d'fhorbair Baker agus comhghleacaithe córas a thug deis do dhaoine deonacha am neamhúsáidte a thabhairt ar a gcuid ríomhairí chun cabhrú le fillte próitéin insamhalta. Mar thoradh air sin, d'fhéadfadh na saorálaithe spárálaíscáileáin a fheiceáil ag taispeáint na fillte próitéine a bhí ag tarlú ar a ríomhaire. Scríobh roinnt de na hoibrithe deonacha seo chuig Baker agus comhghleacaithe ag rá gur smaoinigh siad go bhféadfadh siad feabhas a chur ar fheidhmíocht an ríomhaire dá bhféadfadh siad a bheith páirteach sa ríomh. Agus mar sin thosaigh Foldit (Hand 2010) .

Casann Foldit próiseas próitéine a fhillte isteach i gcluiche is féidir le duine ar bith a imirt. Ó thaobh an imreora, is cosúil go bhfreagraíonn Foldit (figiúr 5.8). Cuirtear tangle struchtúr próitéine tríthoiseach i láthair na n-imeoirí agus is féidir leo oibríochtaí a dhéanamh- "tweak," "wiggle," "atógáil" - a athrú a cruth. Trí fheidhmiú na n-oibríochtaí seo, athraíonn imreoirí cruth an phróitéin, rud a mhéadaíonn nó a laghdaíonn a scór. Go criticiúil, déantar an scór a ríomh bunaithe ar leibhéal fuinnimh an chumraíocht reatha; mar thoradh ar fhormáidí fuinnimh níos ísle tá scóir níos airde. I bhfocail eile, cuidíonn an scór leis na himreoirí a threorú agus iad ag cuardach cumraíochtaí ísealfhuinnimh. Is féidir an cluiche seo ach amháin toisc go bhfuil sé cosúil leis na rátálacha scannáin a fhéachann i bhfillteán próitéin Netflix mar fhás ina bhfuil sé níos éasca réitigh a sheiceáil seachas iad a ghiniúint.

Fíor 5.8: Scáileán cluiche do Foldit. Atáirgeadh le cead ó http://www.fold.it.

Cuireann dearadh galánta Foldit ar chumas imreoirí le beagán eolais fhoirmeálta ar bithcheimic chun dul san iomaíocht leis na halgartaim is fearr atá deartha ag saineolaithe. Cé nach bhfuil an chuid is mó de na himreoirí go háirithe ag an tasc, tá cúpla imreoirí aonair agus foirne beaga imreoirí atá eisceachtúil ann. Go deimhin, i gcomórtas ceann-le-ceann idir imreoirí Foldit agus halgartaim nua-aimseartha, chruthaigh na himreoirí réitigh níos fearr do 5 as gach 10 próitéin (Cooper et al. 2010) .

Tá difríocht Foldit agus an duais Netflix difriúil ar go leor bealaí, ach bíonn glaonna oscailte acu le haghaidh réitigh atá níos éasca a sheiceáil ná a ghiniúint. Anois, feicfimid an struchtúr céanna i suíomh an-difriúil eile: dlí paitinne. Taispeánann an sampla deiridh seo de fhadhb glaonna oscailte gur féidir an cur chuige seo a úsáid freisin i suímh nach bhfuil inmhianaithe le cainníochtú.