5.3.2 Foldit

Foldit is in prachtige iepen oprop omdat it stelt net-saakkundigen om mei te dwaan yn in manier dat is leuk.

De Netflix priis, wylst ta de ferbylding sprekkende en dúdlik, net yllustrearje it folsleine oanbod fan iepen call projekten. Bygelyks, yn it Netflix Priis measte fan de serieuze dielnimmers hienen jierren fan oplieding yn statistiken en machine learen. Mar, iepen oprop projekten kinne ek belûke dielnimmers dy't gjin formele training, as waard yllustrearre troch Foldit, in aaiwyt folding spultsje.

Protein folding is it proses dêr't in keatling fan aminosoeren duorret op syn foarm. Mei in better begryp fan dat proses, Biologen koe ûntwerpe aaiwiten mei spesifike foarmen dy't koe brûkt wurde as medisinen. Ferienfâldiging fan nochal wat, aaiwiten oanstriid om nei harren leechste enerzjy konfiguraasje, in konfiguraasje dy't balances de ferskate bewegingen en lûkt binnen it aaiwyt (Figure 5.7). Dus, as in ûndersiker wol te foarsizzen hokker foarm yn dêr't in aaiwyt sil fold, de oplossing klinkt simpel: krekt besykje alle mooglike formaasjes, berekkenje harren enerzjy, en foarsizze dat it aaiwyt sil fold yn de leechste enerzjy konfiguraasje. Spitigernôch, dizze brute krêft oanpak dat giet besykje alle mooglike konfiguraasjes is computationally ûnmooglik om't der miljarden en miljarden fan potinsjele konfiguraasjes. Sels mei de machtichste kompjûters beskikber hjoed-en yn de koarte termyn-brute krêft is krekt net oan it wurk. Dêrom, Biologen hawwe ûntwikkele protte tûke Algorithmen om effisjint sykje foar de leechste enerzjy konfiguraasje. Mar, nettsjinsteande massive bedraggen fan wittenskiplike en kompjûtasjonele ynspanning, dizze Algorithmen binne noch fier fan folslein.

Figuer 5.7: Protein folding. Image waard makke en pleatst yn publyk domein troch "DrKjaergaard". Boarne: Wikimedia Commons .

David Bakker en syn ûndersyk groep oan de Universiteit fan Washington wienen diel fan de mienskip fan wittenskippers wurkje te ûntwikkeljen better kompjûtasjonele oanpakken nei protein folding. Om te track wat wie der wylst harren Algorithmen waarden cranking fuort, Bakker en syn groep soe sa no en dan watch in skerm-saver dat visualized de foarútgong fan harren algoritmen. Wylst watching dizze fisualisaasjes, Baker begûn te ôffreegje oft it soe mooglik foar minsken om te helpen yn 'e proses, en dêrmei begûn Foldit, in kreative en moaie iepen call (Hand 2010) .

Foldit draait it proses fan aaiwyt folding yn in wedstriid dy't kin spile wurde troch elkenien. Ut it perspektyf fan de spiler, Foldit blykt te wêzen fan in puzel (Figure 5.8). Spilers wurde presintearre mei in trijediminsjonale tangle fan aaiwyt struktuer en kin útfiere operations- "Tweak", "Wiggle", "wer opbouwe" dat feroarje syn foarm. Troch it útfieren fan dizze operaasjes spilers feroarje de foarm fan it aaiwyt, dy't yn beurt tanimt of ôfnimt harren skoare. Kritysk, de skoare wurdt berekkene op basis fan it enerzjy-nivo fan de hjoeddeiske konfiguraasje; legere-enerzjy konfiguraasjes resultearje yn hegere skoares. Yn oare wurden, de stân helpt begeliede de spilers as se sykje foar lege-enerzjy konfiguraasjes. Dit spultsje is allinne mooglik omdat-krekt as it foarsizzen fan film wurdearrings yn de Netflix Priis-protein folding is ek in situaasje dêr't it is makliker te kontrolearjen oplossingen as generearje se.

Figuer 5.8: Game skerm foar Foldit.

Foldit fan elegant Design makket spilers mei net folle formeel kennis fan biogemy om konkurrearje mei de bêste Algorithmen ûntwurpen troch saakkundigen. Wylst de measte spilers binne net bysûnder goed by de taak, binne der in pear spilers en lytse teams fan spilers dy't útsûnderlik. Yn feite, yn in holle-nei-holle konkurrinsje te foarsizze de struktuer fan 10 spesifike aaiwiten, Foldit spilers koenen beat steat-fan-de-keunst aaiwyt folding Algorithmen fiif kear (Cooper et al. 2010) .

Foldit en de Netflix priis binne oars in protte wizen, mar se beide belûke iepen petearen foar oplossings dy't makliker te kontrolearjen as generearje. No, wy sille sjen deselde struktuer yn in noch in oar hiel oars ynstelling: patint wet. Dat lêste foarbyld fan in iepen oprop probleem docht bliken dat se kinne ek brûkt wurde yn ynstellings dy't net fansels amenable foar quantification.