5.3.2 Foldit
Foldit is in protte proteïlde spiel dat it net-saakkundigen mooglik meitsje kin op in manier dy't spannend is.
De Netflix-priis, wylst evokatyf en dúdlik is, is net de folsleine oanbod fan iepen opropprojekten. Bygelyks, yn 'e Netflixpriis hienen de measte fan' e serieuze dielnimmers jierrenlang oplieding yn statistyk en masinelearjen. Mar ek iepen proefprojekten kinne dielnimmers beynfloedzje dy't gjin formele oplieding hawwe, lykas troch Foldit yllustrearre, in protte proteïlde spiel.
Protein-falt is it proses dêr't fia in ketting fan amino-acids har foarm foarmt. Mei in better begryp fan dit proses kin biologen ûntwerpe ûntwerpe mei spesifike foarmen dy't brûkt wurde as medisinen. Ferplichte in hiel lyts, proteins tendarje nei har leechste enerzjy-konfiguraasje, in konfiguraasje dy't de ferskate drukken balânsje en draait binnen it protein (figuer 5.7). Dus, as in ûndersiker de foarm ymportearret wêr't in protte falt, klinkt de oplossing simpel: probearje alle mooglike konfiguraasjes, berekkenje har enerzjy, en praten dat it protte yn 'e leechste enerzjyfoarming falle sil. Spitigernôch probearje alle mooglike konfiguraasjes is spesifike ûnmooglik omdat der miljarden en miljarden potinsjeel konfiguraasjes binne. Sels mei de hjoeddeiske machtige komponinten - en yn 'e ferwachtende takomstige brute krêft is gewoan net te wurkjen. Dêrom hawwe biologen in soad gefoelige algoritme ûntwikkele om effisjint te sykjen foar de leechste enerzjyfoarming. Mar, nettsjinsteande massive mjitingen fan wittenskiplike en komputative opje, binne dizze algoritme noch folle fan perfekt.
Figure 5.7: Protein falt. Ofbylding fan "DrKjaergaard" / Wikimedia Commons .
David Baker en syn ûndersyksgroep oan 'e Universiteit fan Washington wiene ûnderdiel fan' e mienskip fan wittenskippers dy't wurken om komputearjende oanwêzigen te meitsjen foar fiedingsproblemen. Yn ien projekt ûntwikkele Baker en kollega's in systeem dy't frijwilligers tagonklike tiid brûke koe op har kompjûters te helpen om simulaasjeprobinearjen te helpen. Yn 'e rêch kinne de frijwilligers in skermbefeiligens sjen litte dy't de proteinfolding sjen litte dy't har op har komputer hat. Ferskate fan dizze frijwilligers skreau oan Bakker en kollega's dy't sizze dat se tinke dat se ferbetterje kinne op 'e prestaasje fan' e kompjûter as se belutsen wurde kinne oan 'e berekkening. En sa begon Foldit (Hand 2010) .
Foldit draait it proses fan eagjen falt yn in spultsje dat troch elkenien spile wurde kin. Ut it perspektyf fan 'e spiler ferskynt Foldit in puzel (figuer 5.8). Spilers wurde presintearre mei in trije-diminsjoneel krapoan fan proteinstruktuer en kinne operaasjes útfiere - "tweak", "wiggle", "werbouwen" - dat feroaret de foarm. Troch it útfieren fan dizze operaasjes feroaret de spilers de foarm fan it eagje, dy't har skoare ferheft of nimt. Krityk is de skoare berekkene basearre op it enerzjynivo fan 'e hjoeddeistige konfiguraasje; Leech-enerzjyfoarstellingen jouwe hegere punten. Mei oare wurden, de score helpt de spilers by it sykjen as sykjen foar lege enerzjyfoarstellingen. Dit spul is allinnich mooglik om't-krekt as it prestigearjen fan filmferhalen yn 'e Netflix-priis-proteïnfal is ek in situaasje dêr't it makliker is om oplossingen te kontrolearjen as it te meitsjen.
Ofbylding 5.8: Game-skerm foar Foldit. Ferfrede mei tastimming fan http://www.fold.it.
Foldit's elegant ûntwerp jout spilers mei in bytsje formele kennis fan biogemystsje om te konkurearjen mei de bêste algoritmen dy't ûntwurpen binne troch eksperts. Hoewol de measte spilers net sa goed binne by de taak, binne der in pear yndividuele spilers en lytse ploegen fan spilers dy't útsûnderlik binne. In feit, yn 'e kop-kop fan' e konkurrinsje tusken Foldit-spilers en state-of-the-art algoritmen, makke de spilers bettere oplossingen foar 5 fan 10 proteins (Cooper et al. 2010) .
Foldit en de Netflix-priis ferskine op ferskate wizen, mar beide bepale iepen petearen foar oplossingen dy't makliker kontrolearje as generearje. No sjogge wy itselde struktuer yn noch in oar hiel ferskillende ynstellings: patintwet. Dit lêste foarbyld fan in iepen anropprobleem lit sjen dat dizze oanpak ek brûkt wurde kin yn ynstellings dy't net offisjeel beneame kinne foar kwantifikaasje.
