5.3.2 Foldit
Foldit est un bel appel ouvert , car il permet aux non-experts à participer d'une manière qui est amusant.
Le Prix Netflix, tout évocateur et clair, n'illustre la gamme complète de projets d'appels ouverts. Par exemple, dans le Prix Netflix la plupart des participants avaient de sérieux années de formation dans les statistiques et l'apprentissage de la machine. Mais, les projets d'appels ouverts peuvent également impliquer les participants qui ont aucune formation formelle, comme cela a été illustré par Foldit, un jeu de repliement des protéines.
Le repliement des protéines est le processus par lequel une chaîne d'acides aminés prend sa forme. Avec une meilleure compréhension de ce processus, les biologistes pourraient concevoir des protéines avec des formes spécifiques qui pourraient être utilisés comme médicament. Simplifier un peu, les protéines ont tendance à se déplacer vers leur configuration la plus basse d'énergie, une configuration qui équilibre les différentes poussées et de tractions dans la protéine (figure 5.7). Donc, si un chercheur veut prédire quelle forme dans laquelle une protéine se replie, la solution semble simple: il suffit d'essayer toutes les configurations possibles, calculer leurs énergies, et de prédire que la protéine se replie dans la configuration la plus faible d'énergie. Malheureusement, cette approche de la force brutale qui consiste à essayer toutes les configurations possibles est informatiquement impossible car il y a des milliards et des milliards de configurations possibles. Même avec les ordinateurs les plus puissants disponibles aujourd'hui et dans la force de l'avenir prévisible brute est tout simplement pas aller au travail. Par conséquent, les biologistes ont développé de nombreux algorithmes intelligents pour rechercher efficacement pour la configuration la plus faible d'énergie. Mais, en dépit des quantités massives de l'effort scientifique et informatique, ces algorithmes sont encore loin d'être parfait.
Figure 5.7: Le repliement des protéines. L'image a été créé et placé dans le domaine public par "DrKjaergaard". Source: Wikimedia Commons .
David Baker et son groupe de recherche à l'Université de Washington faisaient partie de la communauté des scientifiques travaillant pour développer de meilleures approches informatiques pour le repliement des protéines. Afin de suivre ce qui se passait alors que leurs algorithmes ont été Cranking loin, Baker et son groupe seraient parfois regarder un économiseur d'écran permettant de visualiser l'état d'avancement de leurs algorithmes. Tout en regardant ces visualisations, Baker a commencé à se demander s'il serait possible pour les humains pour aider dans le processus, et donc commencé Foldit, un appel ouvert créative et belle (Hand 2010) .
Foldit transforme le processus de repliement des protéines dans un jeu qui peut être joué par quiconque. Du point de vue du joueur, Foldit semble être un casse-tête (Figure 5.8). Les joueurs sont présentés avec un enchevêtrement en trois dimensions de la structure des protéines et peuvent effectuer des opérations- "tordre", "tortiller", "Rebuild" -Que changer sa forme. En effectuant ces opérations joueurs changent la forme de la protéine, qui à son tour augmente ou diminue leur score. Critique, le score est calculé en fonction du niveau d'énergie de la configuration actuelle; configurations basse énergie aboutissent à des scores plus élevés. En d'autres termes, le score permet de guider les joueurs dans leur recherche de configurations de faible énergie. Ce jeu est seulement possible parce que, juste comme prédire le classement des films dans le Netflix Prize-repliement des protéines est également une situation où il est plus facile de vérifier les solutions que les générer.
Figure 5.8: écran de jeu Foldit.
Le design élégant de Foldit permet aux joueurs avec peu de connaissance formelle de la biochimie de rivaliser avec les meilleurs algorithmes conçus par des experts. Alors que la plupart des joueurs ne sont pas particulièrement bien à la tâche, il y a quelques joueurs et les petites équipes de joueurs qui sont exceptionnels. En fait, dans une compétition en tête-à-tête pour prédire la structure de 10 protéines spécifiques, les joueurs Foldit ont été en mesure de battre les algorithmes repliement des protéines state-of-the-art à cinq reprises (Cooper et al. 2010) , (Cooper et al. 2010) .
Foldit et le prix Netflix sont différents à bien des égards, mais ils impliquent tous deux appels ouverts à des solutions qui sont plus faciles à vérifier que générer. Maintenant, nous allons voir la même structure dans un autre cadre très différent: le droit des brevets. Ce dernier exemple d'un problème d'appel ouvert montre qu'ils peuvent également être utilisés dans des milieux qui ne sont pas manifestement prête à la quantification.
