5.3.2 Foldit

Foldit deialdi irekia eder bat da aukera ematen du ez-adituek modu bat dela fun parte delako.

Netflix Saria, iradokitzaileak eta argi, berriz, ez du ilustratzen deialdi irekia proiektuak eskaintza osoa. Adibidez, Netflix Sarian parte-hartzaileek larri gehienak izan estatistikak eta ikasketa automatikoa ere prestakuntza urte. Baina, deialdi irekia proiektuak duten partaideak ez formal prestakuntza izan zen, Foldit, proteina tolesgarri joko bat ilustratzen gisa ere inplikatzeko.

Protein tolesgarri, prozesu horren aminoazido-kate bat bere forma hartzen da. Prozesu hau hobeto ulertzeko With, biologoak forma zehatzak medikuntza gisa erabili ahal izango dira proteinak diseinatu daiteke. nahiko pixka bat sinplifikatuz, proteinak joera beren energia konfigurazio txikiena, hainbat bultzada orekatzen eta proteina (5,7 irudia) barruan tira konfigurazio bat mugitu. Beraz, ikertzaile bat zer forma bertan sartu proteina bat tolesten den iragartzeko nahi badu, konponbidea soinuak simple: besterik gabe, saiatu ahalik eta konfigurazioak guztiak, beren energia kalkulatzeko, eta aurreikusteko proteina dagoela uste du energia konfigurazio txikiena sartu tolestu. Zoritxarrez, indar hutsa planteamendu hau posible konfigurazio guztietan saiatzen dakar konputazionalki ezinezkoa da, ez dira milioiak eta konfigurazio potentzial milaka milioi delako. Nahiz eta ordenagailuak boteretsuena eskuragarri gaur-eta aurreikus etorkizun-indar hutsa besterik ez da lanera joan. Beraz, biologoak garatu dute clever algoritmo asko modu eraginkorrean bilatu du energia konfigurazio txikiena da. Baina, ahalegin zientifiko eta konputazional kopuru masiboa izan arren, algoritmo horiek oraindik urrun perfektua dira.

5.7 irudia: Protein tolesgarri. Image sortu zen eta jabetza publikoan jartzen "DrKjaergaard" arabera. Iturria: Wikimedia Commons .

David Baker eta bere ikerketa Washington Unibertsitateko talde konputazional proteina tolesgarri planteamendu hobeto garatzen zientzialarien komunitatearen parte izan ziren. Ordena zer gertatzen ari zen euren algoritmoak ziren kanpoan utziz bitartean jarraitzeko asmoz, Baker eta bere taldea litzateke, noizean behin ikusten pantaila-babeslea euren algoritmoak aurrerapena bistaratzen dela. Bistaratzeak horiek ikusiz bitartean, Baker hasi zen posible izango ote da gizakiarentzat prozesuan laguntzeko buruari, eta, beraz, Foldit, deialdi irekia sortzaile eta eder bat hasi zen (Hand 2010) .

Foldit proteina tolesgarri prozesua bihurtzen da edonork joka daiteke joko bat sartu. Jokalariaren ikuspuntutik, Foldit agertzen puzzle bat (5.8 irudia) izan da. Jokalariak proteina egitura mataza hiru dimentsioko bat aurkeztu dira eta operations- egin daiteke "pentsatzen", "wiggle", "birsortu" bere forma aldatu dena-. Eragiketa horiek eginez jokalari proteina forma aldatzeko, eta aldi berean handitzen edo gutxitzen beren puntuazioa. Kritikoan, puntuazioa kalkulatzen da egungo konfigurazioaren energia-mailan dago; behe-energia konfigurazio eragin handiagoa partiturak ere. Beste era batera esanda, puntuazioa jokalariek gidatuko bilatu txikiko konfigurazio bezala laguntzen. Joko hau bakarrik da posible delako-pelikula balorazioak iragartzeko Netflix Sari-proteina tolesgarri bezalakoa da, halaber, egoera bat non errazago sortuko baino konponbide egiaztatu da.

5.8 irudia: Game Foldit pantaila.

Foldit en diseinu dotorea gaitzen biokimika ezagutza formalak gutxirekin jokalariei adituek diseinatutako algoritmoak onenak lehiatuko da. Jokalari gehienak ez dira bereziki ona ataza batean, han pare bat jokalari eta talde txikietan jokalarien nor dira aparteko. Izan ere, buru-to-burua lehiaketa bat 10 proteina jakin batzuen egitura iragartzeko asmoz, Foldit jokalari egoera-de-la-art proteina tolesgarri algoritmoak beat bost aldiz izan ziren gai (Cooper et al. 2010) .

Foldit eta Netflix saria modu askotan ezberdinak dira, baina biek errazagoa dela egiaztatu sortzen baino konponbide deialdi irekiak inplikatzeko. Orain, egitura bera ikusiko dugu, oraindik beste ezarpen oso ezberdinetan: patente legea. deialdi irekia arazo baten azken adibide honek erakusten dutela ere egin daiteke hori, ez dira, jakina, kuantifikazioa frogatu ezarpenak erabiliko.