5.3.2 Foldit
Foldit je krásná otevřená výzva, protože umožňuje neodborníci schopni podílet se způsobem, který je zábava.
Netflix Prize, zatímco evokující a jasné, není ilustrují celou škálu projektů otevřené výzvy. Například v Netflix cenu většina vážných účastníků měl roky odborné přípravy ve statistiky a strojového učení. Ale projekty Otevřená výzva může také zahrnovat účastníky, kteří nemají formální školení, jak bylo objasněno Foldit, proteinového skládací hry.
Skládání proteinů je proces, kterým řetězec aminokyselin se na jejím tvaru. S lepší pochopení tohoto procesu, biologové mohl navrhnout proteiny se specifickými tvary, které by mohly být použity jako lék. Zjednodušení docela dost, proteiny mají tendenci se pohybovat na své nejnižší konfigurace energie, konfiguraci, která vyrovnává jednotlivé tahy a tlaky uvnitř proteinu (obrázek 5.7). Takže, pokud výzkumník chce předpovědět, jaký tvar, do kterého budou složit protein, řešení Zní to jednoduše: stačí vyzkoušet všechny možné konfigurace, vypočítat jejich energii, a předpovídají, že protein složí do nejnižšího konfigurace energie. Bohužel, tento přístup brutální síla, která zahrnuje vyzkoušení všech možných konfigurací je výpočetně nemožné, protože tam jsou miliardy a miliardy možných konfigurací. I s nejvýkonnějších počítačů jsou dnes k dispozici, a v dohledné budoucnosti-hrubou silou se prostě nebude fungovat. Proto biologové vyvinuli mnoho chytrých algoritmů efektivně vyhledávat nejnižší konfiguraci energie. Avšak navzdory velkým množstvím vědeckých a výpočetní úsilí, tyto algoritmy jsou ještě daleko k dokonalosti.
Obrázek 5.7: Protein skládací. Obraz byl vytvořen a umístěn do veřejné doméně "DrKjaergaard". Zdroj: Wikimedia Commons .
David Baker a jeho výzkumná skupina u University of Washington byly součástí komunity vědců pracujících na vývoji lepších výpočetní přístupy ke skládání proteinů. Aby bylo možné sledovat, co se děje, zatímco jejich algoritmy byly dostával pryč, Baker a jeho skupina by občas dívat na spořič obrazovky, který zobrazil průběh svých algoritmů. Během sledování těchto vizualizací, Baker začal uvažovat, zda by bylo možné, aby lidé na pomoc v tomto procesu, a tak začal Foldit, kreativní a krásnou otevřenou výzvu (Hand 2010) .
Foldit otočí proces skládání proteinů do hry, který lze přehrávat kdokoli. Z pohledu hráče, Foldit jeví jako puzzle (obrázek 5.8). Hráči jsou prezentovány s trojrozměrné spleti struktury proteinů a může provádět operations- "vyladit", "kroutit", "nové sestavení" -To změnit svůj tvar. Provedením těchto operací hráči mění tvar proteinu, který to zvyšuje nebo snižuje jejich skóre. Kriticky, skóre se počítá na energetickou úroveň aktuální konfigurace; konfigurace s nižší energií za následek vyšší skóre. Jinými slovy, skóre pomáhá vést hráče, kteří vyhledávají pro konfigurace s nízkou spotřebou energie. Tato hra je možná jen proto, že, stejně jako předpovídání hodnocení filmů v Prize-protein skládání Netflix je také situace, kdy je snazší kontrolovat řešení, než je vygenerovat.
Obrázek 5.8: Obrazovka hra pro Foldit.
Foldit Elegantní konstrukce umožňuje hráčům s malou formální znalostí biochemie soutěžit s nejlepšími algoritmy navržených experty. Zatímco většina hráčů nejsou nijak zvlášť dobrý úkol, existuje několik hráčů a malé skupiny hráčů, kteří jsou výjimečné. Ve skutečnosti, v soutěži head-to-head předpovídat strukturu 10 specifických proteinů, Foldit hráči byli schopní porazit state-of-the-art skládání proteinů algoritmy pětkrát (Cooper et al. 2010) .
Foldit a výhra Netflix se liší v mnoha ohledech, ale oba zahrnují otevřené výzvy k řešení, která jsou snadněji kontrolovat než vytvářet. Nyní budeme vidět stejnou strukturu v dalším velmi odlišné nastavení: patentovém právu. Tento konečný příklad problému otevřeného hovoru ukazuje, že mohou být také použity v prostředí, které nejsou zjevně být předmětem kvantifikace.
