5.3.2 Foldit

Foldit hè un beddu d 'aperta per via ch'ella parmetti non-sperti à participà in un modu chì hè di piacè.

Lu Premiu Netflix, mentri chì parlanu è chjaru, ùn illustrate u catalogu piena di prughjetti d aperta. Per esempiu, in u Premiu Netflix a maiò parti di i participanti, seria avia anni di a furmazione in statistiche e machine à perdre. Ma, prugetti d aperta si ponu dinù vennu cuimmurciuti i participanti chi mancanu di furmazione furmali, comu fu fatta da Foldit, nu jocu di ripiegamentu medialis.

Medialis culisante hè u prucessu à traversu chì una cullana d 'ris amminuàciti piglia tuttu u so forma. Cù una megliu cunniscenza di stu prucessu, biulugisti pudaria cuncepisce prutiìni cun formi spécifique, ca putìa èssiri usatu comu na bona midicina. Simplifying una sosula appena, prutiìni tendini à spustà a so cunfigurazione cù energia più bassu, à a cunfigurazione cù chì mettenu i diversi reinforcing è stinza moins de lu sustintamentu (Figura 5.7). Allura, siddu un militante voli à predict chi forma n cui na prutiìna vi volte di più, a sola suluzione populu corsu sèmplice: ghjustu à pruvà tuttu cunfigurazioni pussibule, di calculari lu so energie, e predict ca lu sustintamentu vi volte di più in a cunfigurazione, energia più bassu. Per disgrazia, stu approcciu forza, brute chì implica circannu tutti cunfigurazioni felì è computationally impussibile perchè ùn ci sò billions e billions di cunfigurazioni putenziale. Ancu cù i più putenti impianti dispunibbili oggi-e a la forza futuru-bistiali foreseeable hè ghjustu ùn andavanu à u travagliu. Ghjè per quessa, biulugisti si sò sviluppati i tanti alguritmi risistenti à circà intensivi di a cunfigurazione energia più bassu. Ma, malgradu a massiccia limitati, di sforzu scentificu è programming, sti alguritmi sò sempre luntanu da perfetta.

Figura 5,7: porteuse ripiegamentu. Image statu creatu è misa nta lu duminiu publicu da un "DrKjaergaard". Source: Wikipedia .

David Baker è u so gruppu di ricerca a l'Univirsitati di Washington eranu parte di a cumunità di scentifichi travagliendu à u sviluppu di megliu avvicinamenti programming à culisante medialis. Pà circà chiddu chi succideva mentri i so alguritmi foru cranking luntanu, Baker è u so gruppu si tornanu à fighjulà a nu schermu-Saveur chì visualized u prugressu di e so alguritmi. Mentri taliava sti visualizations, Baker messe à dumandassi s'ellu si fussi pussibili di l 'omu par aiutà à u prucessu, è tandu si messe Foldit, una d' apartu criativu è bella (Hand 2010) .

Foldit ntènni lu prucessu di ripiegamentu medialis nta nu jocu ca pò esse ghjucatu da qualchissia. Da u scopu di lu sunaturi, Foldit pare ch'ella fussi un labirintu (Figura 5,8). Calcio, sò presentati cù un tangle in tri-tridiminsiunali di struttura medialis è pò guarisce operations- "tweak", "wiggle", "ricustruisce di modu" -that cambià a so forma. Par vìdiri a sti funziunamentu di sunatura di canciari la forma di la prutiìna, chi in ingrossa turnu o decreases so partitura. Critically, cu lu spartitu ca eni calculata basatu supra lu liveddu di lu energia di a cunfigurazione oghjinca; cunfigurazioni bascia-energia un bilanciu in Scarica spartiti gratis supiriuri. Nta àutri paroli, cu lu spartitu ca ci aiuta avvià i lettori, mentre ch'elli circà di cunfigurazioni bassu-energia. Stu ghjocu hè solu pussibili propriu parché-just like pridisci valutazioni, vintage in lu ripiegamentu Premiu-medialis Netflix hè dinù una situazione induve hè più fàciule à verificà suluzione chè facenu elli.

Figura 5,8: screen Game di Foldit.

cuncezzione distintu d'Foldit parmetti lettore cun pocu sapè fà furmali di Biuchimica tràsiri in cumpitizzioni cu lu megghiu alguritmi creata da i sperti. Mentri cchiù sunatura nun sunnu particularmenti bè à u compitu, ci sò uni pochi di lettori, e piccule squadre di lettori, chì sò eccezziunale. In fatti, in un cuncorsu, testa-à-tête à predict la struttura di 10 prutiìni spécifique, lettori Foldit puderunu turrà à batta Statu-di-u-arte alguritmi medialis culisante cinque volte (Cooper et al. 2010) .

Foldit è u premiu Netflix sò sfarente in parechji modi, ma tramindui vennu cuimmurciuti chiama aperta per li suluzzioni ca sunnu cchiù facili a scupriri ca pruduce. Avà, ci trovi stampatu lu stissu struttura di a n'àutru tantu sfarente a curcari: lege di peddi. Stu esempiu di finali di nu prubbrema d aperta, mostra chì si pò ièssiri usatu puru in u bastimentu chì ùn sò micca amenable à godille.