5.3.2 Foldit

Foldit কারণ এটি একটি উপায় যে মজা অংশগ্রহণের সক্ষম অ বিশেষজ্ঞদের একটি সুন্দর খোলা আহবান.

নেটফ্লিক্স পুরস্কার, যখন শিল্পানুগ এবং পরিষ্কার, খোলা কল প্রকল্পের সম্পূর্ণ পরিসর চিত্রিত না. উদাহরণস্বরূপ, নেটফ্লিক্স পুরস্কার গুরুতর অংশগ্রহণকারীদের অধিকাংশ পরিসংখ্যান এবং মেশিন লার্নিং প্রশিক্ষণ বছর ছিল. কিন্তু, খোলা কল প্রকল্প অংশগ্রহণকারীদের যারা কোন আনুষ্ঠানিক প্রশিক্ষণ আছে, যেমন Foldit, একটি প্রোটিন ভাঁজ খেলা দ্বারা সচিত্র ছিল জড়িত পারেন.

প্রোটিন ভাঁজ প্রক্রিয়া যার মাধ্যমে অ্যামিনো অ্যাসিড একটি চেন তার আকৃতি উপর লাগে. এই প্রক্রিয়ার একটি ভাল বোঝার সঙ্গে, জীববিজ্ঞানীরা নির্দিষ্ট আকার যে ঔষধ হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে সঙ্গে প্রোটিন ডিজাইন পারে. বেশ একটু সরলীকৃত, প্রোটিন তাদের সর্বনিম্ন শক্তি কনফিগারেশন, একটি কনফিগারেশন যে বিভিন্ন push কর্মের ভারসাম্য এনে দেয় এবং প্রোটিন (চিত্র 5.7) মধ্যে pulls সরাতে ঝোঁক. সুতরাং, একটি গবেষক ভবিষ্যদ্বাণী করা কি আকৃতি যা একটি প্রোটিন ভাঁজ হবে চায়, সমাধান সহজ শোনাচ্ছে: শুধু সব সম্ভাব্য কনফিগারেশনের চেষ্টা, তাদের energies নিরূপণ, এবং যে ভবিষ্যদ্বাণী প্রোটিন সর্বনিম্ন শক্তি কনফিগারেশন মধ্যে ভাঁজ হবে. দুর্ভাগ্যবশত, এই পাশব বল পদ্ধতির জড়িত যে সব সম্ভাব্য কনফিগারেশনের চেষ্টা কম্পিউটারের গণনার ক্ষেত্রে অসম্ভব বিলিয়ান এবং সম্ভাব্য কনফিগারেশনের বিলিয়ান আছে কারণ হয়. এমনকি সবচেয়ে শক্তিশালী উপলব্ধ কম্পিউটারের সাথে আজ-ও সুদুর ভবিষ্যতে-পাশব বল মাত্র নয় কাজ করে যাচ্ছে. অতএব, জীববিজ্ঞানী দক্ষতার সর্বনিম্ন শক্তি কনফিগারেশনের জন্য অনুসন্ধান করতে অনেক চালাক আলগোরিদিম উন্নত. কিন্তু, বৈজ্ঞানিক ও কম্পিউটেশনাল প্রচেষ্টার বিপুল পরিমাণ সত্ত্বেও এসব অ্যালগরিদম এখনও নিখুঁত কাছ থেকে দূরে থাকে.

চিত্র 5.7: প্রোটিন ভাঁজ. ইমেজ তৈরি এবং "DrKjaergaard" পাবলিক ডোমেইনে মধ্যে স্থাপন করা হয়. উত্স: উইকিমিডিয়া কমন্স .

ডেভিড বেকার এবং ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়ে তাঁর গবেষণা দল প্রোটিন ভাঁজ ভাল গণনীয় পন্থা বিকাশ কাজ বিজ্ঞানীদের সম্প্রদায়ের অংশ ছিল. অর্ডার ট্র্যাক করতে কি ঘটছে ছিল যখন তাদের আলগোরিদিম দূরে ঘোড়া ভাঁজ করা হয়েছে, বাকের ও তার দল মাঝে মাঝে একটি পর্দা মিতব্যয়ের তাদের আলগোরিদিম উন্নতি ভিসুয়ালাইজ্ড যে দেখত. এই দৃশ্য দেখার সময়, বাকের আশ্চর্য কিনা এটা মানুষের প্রক্রিয়ায় সাহায্য করা সম্ভব হবে শুরু, এবং এইভাবে Foldit, একটি সৃজনশীল এবং সুন্দর খোলা কল শুরু (Hand 2010) .

Foldit কারো দ্বারা অভিনয় করা যেতে পারে যে একটি খেলা মধ্যে প্রোটিন ভাঁজ প্রক্রিয়া সক্রিয়. খেলোয়াড় দৃষ্টিকোণ থেকে, Foldit একটি ধাঁধা (চিত্র 5.8) উপস্থিত হতে পারে. প্লেয়ার প্রোটিনের কাঠামো একটি ত্রিমাত্রিক জট সঙ্গে উপস্থাপন করা হয় এবং operations- সম্পাদন করতে পারবেন "আন্দোলিত" "খামচি", "পুনঃনির্মাণের" -অর্থাৎ তার আকৃতি পরিবর্তন. এই অপারেশন সম্পাদন দ্বারা খেলোয়াড়দের প্রোটিনের আকৃতি পরিবর্তন, পালা বৃদ্ধির মধ্যে অথবা তাদের স্কোর কমে যা. সমালোচকদের, স্কোর বর্তমান কনফিগারেশন শক্তি স্তরের উপর ভিত্তি করে হিসাব করা হয়; নিম্ন-শক্তি কনফিগারেশনের উচ্চ স্কোর ফল. অন্য কথায়, স্কোর হিসাবে তারা কম শক্তি কনফিগারেশনের জন্য অনুসন্ধান খেলোয়াড়দের গাইড করতে সহায়তা করে. এই গেমটি শুধুমাত্র সম্ভাব্য কারণ মাত্র একটি অবস্থা যেখানে এটা তাদের উৎপন্ন চেয়ে সমাধান পরীক্ষা করা সহজ হয় নেটফ্লিক্স প্রাইজের প্রোটিন ভাঁজ মধ্যে সিনেমা রেটিং পূর্বাভাসের মত.

চিত্র 5.8: খেলা Foldit জন্য পর্দা.

Foldit এর মার্জিত নকশা বিশেষজ্ঞদের দ্বারা পরিকল্পিত সেরা আলগোরিদিম সঙ্গে প্রতিযোগিতা করার জন্য প্রাণরসায়ন সামান্য আনুষ্ঠানিক জ্ঞান সঙ্গে খেলোয়াড়দের সক্ষম. যদিও বেশির ভাগ খেলোয়াড় টাস্ক এ বিশেষভাবে ভালো না হয়, সেখানে কয়েক খেলোয়াড় এবং খেলোয়াড়দের ছোট দল যারা ব্যতিক্রমী হয়. আসলে, একটি মাথা টু মাথা প্রতিযোগিতার 10 নির্দিষ্ট প্রোটিন গঠন ভবিষ্যদ্বাণী করার জন্য যে, Foldit খেলোয়াড়দের রাষ্ট্র-এর-শিল্প প্রোটিন ফোল্ডিং আলগোরিদিম পাঁচবার বীট করতে পেরেছি (Cooper et al. 2010) .

Foldit এবং Netflix পুরস্কার নানাভাবে বিভিন্ন হয়, কিন্তু তারা উভয় সমাধান উৎপন্ন চেয়ে পরীক্ষা করার সহজ জন্য খোলা কল জড়িত. পেটেন্ট আইন: এখন, আমরা আরেকটা খুব বিভিন্ন সেটিং একই কাঠামো দেখতে হবে. একটি খোলা কল সমস্যা এই চূড়ান্ত উদাহরণ দেখায় যে, তারা এমন সব সেটিংস স্পষ্টত সংখ্যাগত এক্তিয়ারভুক্ত নয় ব্যবহার করা যেতে পারে.