5.3.2 Foldit

Foldit একটি প্রোটিন-ভাঁজ খেলা যা অ-বিশেষজ্ঞদের এমন ভাবে অংশগ্রহণ করে যাতে মজার হয়।

Netflix পুরস্কার, evocative এবং স্পষ্ট, খোলা কল প্রকল্পের সম্পূর্ণ পরিসর ব্যাখ্যা না। উদাহরণস্বরূপ, নেটফ্ল্যাক্স পুরষ্কারে সর্বাধিক গুরুত্বপূর্ন অংশগ্রহণকারীদের কাছে পরিসংখ্যান এবং মেশিন লার্নিংয়ের প্রশিক্ষণ বছর ছিল। কিন্তু, খোলা কল প্রকল্প অংশীদারী যারা কোন আনুষ্ঠানিক প্রশিক্ষণ আছে জড়িত করতে পারেন, যেমন Foldit, একটি প্রোটিন ভাঁজ খেলা দ্বারা ইস্তিত করা হয়েছে।

প্রোটিন ভাঁজ হচ্ছে এমন প্রক্রিয়া যার মাধ্যমে অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি শিকল তার আকৃতিতে থাকে। এই প্রক্রিয়ার একটি ভাল বোঝার সঙ্গে, জীববিজ্ঞান নির্দিষ্ট আকার সঙ্গে প্রোটিন ডিজাইন করতে পারে যে ওষুধ হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। খুব সামান্য সরলীকরণ, প্রোটিনগুলি তাদের সর্বনিম্ন-শক্তি কনফিগারেশনে স্থানান্তরিত হয়, একটি কনফিগারেশন যা বিভিন্ন ধাক্কা সামঞ্জস্য করে এবং প্রোটিন (Fig। 5.7) এর ভিতরে ঢুকিয়ে দেয়। তাই, যদি একজন গবেষক এমন একটি আকৃতির ভবিষ্যদ্বাণী করতে চায় যা প্রোটিন ভাঁজ করবে, তবে সমাধানটি সহজ হবে: শুধু সব সম্ভাব্য কনফিগারেশনগুলি চেষ্টা করুন, তাদের শক্তিগুলি গণনা করুন এবং ভবিষ্যদ্বাণী করুন যে প্রোটিন সর্বনিম্ন-শক্তি কনফিগারেশনের মধ্যে প্রবেশ করবে। দুর্ভাগ্যবশত, সব সম্ভাব্য কনফিগারেশন চেষ্টা গণনা করা অসম্ভব কারণ বিলিয়ন এবং বিলিয়ান সম্ভাব্য কনফিগারেশন আছে। এমনকি আজকের দিনে পাওয়া সবচেয়ে শক্তিশালী কম্পিউটারের সাথেও- এবং ভবিষ্যতে ভবিষ্যতে-প্রাণবন্ত বলের মধ্যে কাজ করা যাচ্ছে না। অতএব, জীববিজ্ঞানীরা নিখুঁত শক্তির কনফিগারেশন অনুসন্ধান করার জন্য অনেক চতুর আলগোরিদিম তৈরি করেছে। কিন্তু, বিপুল পরিমাণে বৈজ্ঞানিক এবং গণনীয় প্রচেষ্টার সত্ত্বেও, এই অ্যালগরিদম এখনও নিখুঁত থেকে অনেক দূরে।

চিত্র 5.7: প্রোটিন ভাঁজ। ছবি "ড। কেজরগার্ড" / উইকিমিডিয়া কমন্স এর সৌজন্যে।

ডেভিড বেকার এবং ওয়াশিংটনের ইউনিভার্সিটি অব ওয়াশিংটনে তার গবেষণা দলটি বিজ্ঞানী সম্প্রদায়ের অংশ ছিল যা প্রোটিনের ভাঁজ করার জন্য কম্পিউটেশনাল পদ্ধতির সৃষ্টি করে। এক প্রজেক্টে, বেকার এবং সহকর্মীরা একটি সিস্টেম গড়ে তুলেছিল যা স্বেচ্ছাসেবকদের সিমুলেশন প্রোটিন বাঁদিকে সহায়তা করার জন্য তাদের কম্পিউটারে অব্যবহৃত সময় দান করার অনুমতি দেয়। পরিবর্তে, স্বেচ্ছাসেবী তাদের কম্পিউটারে ঘটছে যে প্রোটিন ভাঁজ দেখাচ্ছে একটি স্ক্রিনসভার দেখতে পারে। এই স্বেচ্ছাসেবকদের বেশ কয়েকটি বেকার ও সহকর্মীদের কাছে লিখেছে যে তারা চিন্তা করে যে তারা কম্পিউটারের পারফরম্যান্সে উন্নতি করতে পারে যদি তারা হিসাবের মধ্যে অন্তর্ভুক্ত হতে পারে। এবং এইভাবে Foldit (Hand 2010) ।

Foldit একটি খেলা যে প্রোটিন ভাঁজ প্রক্রিয়া একটি যে কেউ দ্বারা প্লে করা যায় সক্রিয় করে। প্লেয়ার দৃষ্টিকোণ থেকে, Foldit একটি ধাঁধা (চিত্র 5.8) প্রদর্শিত হবে। খেলোয়াড়রা প্রোটিন কাঠামোর একটি ত্রিমাত্রিক টানেলের সাথে উপস্থাপিত হয় এবং কর্ম সঞ্চালন করতে পারে- "টাকাক," "লজিক," "পুনর্নির্মাণ" - এর আকৃতিটি পরিবর্তন করে। এই অপারেশন খেলোয়াড় সম্পাদন করে প্রোটিনের আকৃতি পরিবর্তন করে, যার ফলে তাদের স্কোর বৃদ্ধি বা হ্রাস পায়। জটিলভাবে, বর্তমান কনফিগারেশনের শক্তির স্তর অনুযায়ী স্কোর গণনা করা হয়; নিম্ন শক্তি কনফিগারেশন উচ্চ স্কোর ফলাফল। অন্য কথায়, স্কোরগুলি কম-শক্তি কনফিগারেশনের জন্য খেলোয়াড়দের সহায়তায় সহায়তা করে। এই গেমটি শুধুমাত্র সম্ভাব্য কারণ - Netflix পুরস্কার-প্রোটিন ভাঁজ মধ্যে চলচ্চিত্র রেটিং পূর্বাভাস শুধু একটি পরিস্থিতি যেখানে এটি তাদের উৎপন্ন তুলনায় সমাধান পরীক্ষা করা সহজ।

চিত্র 5.8: Foldit জন্য খেলা পর্দা। Http://www.fold.it থেকে অনুমতি দ্বারা পুনরুত্পাদন

Foldit এর মার্জিত নকশা বিশেষজ্ঞদের দ্বারা পরিকল্পিত সেরা অ্যালগরিদম সঙ্গে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করার জন্য জৈব রসায়নের সামান্য আনুষ্ঠানিক জ্ঞান সঙ্গে খেলোয়াড়দের সক্ষম করে। যদিও বেশিরভাগ খেলোয়াড়ই টাস্কে বিশেষভাবে ভাল না, তবে বেশ কয়েকজন খেলোয়াড় ও খেলোয়াড়দের ছোট দল রয়েছে যারা ব্যতিক্রমী। প্রকৃতপক্ষে, ফ্রন্টিত খেলোয়াড়দের মধ্যে এবং অ-দ্য অ্যালগরিদমগুলির মধ্যে মাথা-টু-মাথা প্রতিযোগিতায় খেলোয়াড়েরা 10 টি প্রোটিন (Cooper et al. 2010) এর 5 টির জন্য আরও ভাল সমাধান তৈরি করে।

Foldit এবং Netflix পুরস্কার অনেক উপায়ে বিভিন্ন, কিন্তু তারা উভয় উত্পন্ন তুলনায় চেক করা সহজ যে সমাধান জন্য খোলা কল অন্তর্ভুক্ত। এখন, আমরা একই কাঠামোটি আরেকটি ভিন্ন সেটিংসে দেখতে পাব: পেটেন্ট আইন। একটি খোলা কল সমস্যা এই চূড়ান্ত উদাহরণ দেখায় যে এই পদ্ধতিটি সেটিংস ব্যবহার করা যেতে পারে না যা নিখুঁতভাবে quantification যাও amenable হয় না।