5.3.2 Foldit

Bu fun bir şəkildə iştirak etmək qeyri-ekspertlər imkan verir, çünki Foldit gözəl açıq çağırışdır.

Netflix mükafatı, evocative və aydın olsa da, açıq zəng layihələrin tam yararlanın göstərmək deyil. Məsələn, Netflix mükafatı ciddi iştirakçıların ən statistika və maşın öyrənmə təlim il idi. Lakin, açıq zəng layihələr də Foldit, bir protein qatlama oyun təsvir edildiyi kimi, heç bir formal təlim iştirakçıları cəlb edə bilər.

Protein qatlama amin turşuları bir zəncir onun forma alır vasitəsilə prosesdir. bu prosesin daha yaxşı anlaşılması ilə bioloqlar dərman kimi istifadə edilə bilər xüsusi formalı zülal dizayn bilər. bir qədər sadələşdirilməsi, zülallar onların aşağı enerji konfiqurasiya, müxtəlif itiyor qalıqlar və zülal (Şəkil 5.7) çərçivəsində çıxarmaz bir konfiqurasiya hərəkət edirlər. bir tədqiqatçı olan bir protein qat nə forma proqnozlaşdırmaq istəyir Belə ki, həll sadə səslənir: yalnız onların enerji hesablamaq, bütün mümkün konfiqurasiyaları cəhd edin, və protein aşağı enerji konfiqurasiya daxil qat ki, proqnozlaşdırmaq. milyardlarla və potensial konfiqurasiyaları milyardlarla var, çünki Təəssüf ki, bütün mümkün konfiqurasiyaları çalışır daxildir bu Gücün tətbiqi yanaşma computationally mümkün deyil. Hətta ən güclü kompüter bu gün və yaxın gələcək Gücün tətbiqi yalnız iş niyyətində deyil. Buna görə də, bioloqlar səmərəli aşağı enerji konfiqurasiya axtarmaq üçün çox ağıllı alqoritmlər inkişaf etmişdir. Lakin, elmi və hesablama səy kütləvi məbləğlər baxmayaraq, bu alqoritmlər hələ mükəmməl edir.

Şəkil 5.7: Zülal qatlama. Image yaradılmış və "DrKjaergaard" tərəfindən ictimai yerləşdirilib. Mənbə: Wikimedia Commons .

David Baker və Vaşinqton Universitetinin etdiyi araşdırma qrupu protein qatlama daha yaxşı hesablama yanaşmalar inkişaf etdirmək üçün iş alimlərin icma bir hissəsi idi. onların alqoritmləri üz cranking isə baş verən nə izlemek üçün, Baker və onun qrup bəzən onların alqoritmləri tərəqqi görüntülenmeyecektir ekran qoruyucu izləmək olardı. Bu visualizations seyr edərkən, Baker insanlar prosesində kömək etmək üçün mümkün olardı olub təəccüb başladı və beləliklə Foldit, yaradıcı və gözəl açıq çağırış başladı (Hand 2010) .

Foldit hər kəs tərəfindən ifa edilə bilər bir oyun daxil protein qatlama prosesi çevrilir. oyunçu baxımdan, Foldit bir puzzle (Şəkil 5.8) görünür. Oyunçular protein strukturu üç ölçülü dolaşıq ilə təqdim olunur və onun forma dəyişdirmək yəni "yenidən qur", "rahat durmamak" "çimdik" operations- edə bilərsiniz. bu əməliyyatları həyata oyunçular növbəsində artır və ya onların hesab azalır olan protein forma dəyişir. Tənqidi, hesab cari konfiqurasiya enerji səviyyəsinə əsaslanır hesablanır; aşağı enerji konfiqurasiyaları ali puanları ilə nəticələnəcək. Başqa sözlə, hesab onlar aşağı enerji konfiqurasiyaları üçün axtarış kimi oyunçular yardım edir. Netflix Mükafatı protein qatlama film ratings proqnozlaşdırılması kimi də onları yaratmaq çox həllər yoxlamaq üçün asan bir vəziyyət olduğuna görə-Bu oyun yalnız mümkündür.

Şəkil 5.8: Foldit Oyun ekran.

Foldit zərif dizayn mütəxəssisləri tərəfindən hazırlanmış yaxşı alqoritmləri ilə rəqabət biokimya az formal bilik ilə oyunçular imkan verir. ən çox oyunçu vəzifəsi xüsusilə yaxşı deyil baxmayaraq, müstəsna oyunçular bir neçə oyunçular və kiçik komandalar var. Əslində, 10 xüsusi zülalların quruluşu proqnozlaşdırmaq baş-to-baş rəqabət, Foldit oyunçular dövlət-of-the-art protein qatlama alqoritmləri beş dəfə məğlub edə bildik (Cooper et al. 2010) .

Foldit və Netflix mükafat bir çox yollarla müxtəlif, lakin onlar həm də yaratmaq daha yoxlamaq üçün asan həlli üçün açıq zənglər daxildir. patent hüquq: İndi biz hələ bir çox müxtəlif təyinatlı eyni strukturu görəcəksiniz. açıq çağırış problemin Bu son nümunəsi onlar da açıq-aydın miqdarı cavabdeh deyil ayarları istifadə edilə bilər ki, göstərir.