5.3.2 Foldit

ይህ አስደሳች እንደሆነ መንገድ ላይ ለመሳተፍ ያልሆኑ ባለሙያዎች ስለሚያስችል Foldit ውብ ክፍት ጥሪ ነው.

የ Netflix ሽልማት, በአንድምታ ግልጽ ሳለ, ክፍት ጥሪ ፕሮጀክቶች ሙሉ በሙሉ ክልል በምሳሌ አይደለም. ለምሳሌ ያህል, Netflix ሽልማት ውስጥ ከባድ ተሳታፊዎች አብዛኞቹ ስታስቲክስ እና የማሽን መማሪያ ውስጥ ስልጠና ዓመት ነበር. ነገር ግን, ክፍት ጥሪ ፕሮጀክቶች ደግሞ Foldit, አንድ ፕሮቲን ታጥፋለህ ጨዋታ የምን ምሳሌ ነበር እንደ መደበኛ ስልጠና የሌላቸው ተሳታፊዎች የተያያዘ ሊሆን ይችላል.

ፕሮቲን ታጥፋለህ; አሚኖ አሲዶች ሰንሰለት ቅርጹን ላይ ይወስዳል አማካኝነት ሂደት ነው. በዚህ ሂደት የተሻለ ግንዛቤ ጋር, የሥነ ሕይወት መድኃኒት ሆኖ ሊያገለግል የሚችል ልዩ ቅርጾች ጋር ​​ፕሮቲኖች ንድፍ ይችላል. በጣም ትንሽ ቀላል, ፕሮቲኖች ያላቸውን ዝቅተኛው ኃይል አወቃቀር, የተለያዩ ራሳችንና ሚዛን እና ፕሮቲን (ምስል 5.7) ውስጥ ጭራሽ አንድ ውቅር ለማንቀሳቀስ ይቀናቸዋል. አንድ ተመራማሪ ይህም ወደ አንድ ፕሮቲን አጥፈህ ምን ቅርጽ ለመተንበይ የሚፈልግ ከሆነ, መፍትሔው ቀላል ይመስላል: ብቻ ጉልበታቸውንና ማስላት, በተቻለ መጠን ውቅሮች ይሞክሩ, እና ፕሮቲን ዝቅተኛው ኃይል ውቅር ወደ አጥፈህ መሆኑን ለመተንበይ. በቢሊዮን እና አቅም ውቅሮች በቢሊዮን አሉ ምክንያቱም የአጋጣሚ ነገር ሁሉ በተቻለ ውቅሮች ጥረት ይጨምራል ይህ በጉልበት ዘዴ computationally የማይቻል ነው. እንኳ አይገኝም በጣም ኃይለኛ ኮምፒውተሮች ጋር በዛሬው ጊዜ-እና አከፋፋዮቹ የወደፊት-በፍጥረታቸው በሚያውቁት ሁሉ ኃይል ውስጥ ብቻ ወደ ሥራ የሚሄዱ አይደለም. ስለዚህ, የሥነ ሕይወት ተመራማሪዎች በብቃት ዝቅተኛው ኃይል ውቅር መፈለግ ብዙ ጎበዝ ስልተ አዳብረዋል. ነገር ግን, ሳይንሳዊ እና ኮምፒውቲሽናል ጥረት ከፍተኛ መጠን ያለው ቢሆንም, እነዚህ ስልተ አሁንም ቢሆን ፍጹማን አይደሉም.

ስእል 5.7: የፕሮቲን ታጥፋለህ. ምስል የተፈጠሩ እና "DrKjaergaard" በ የሕዝብ ጎራ ይመደባሉ ነበር. ምንጭ: Wikimedia Commons .

ዴቪድ ቤከር እና በዋሽንግተን ዩኒቨርሲቲ የምርምር ቡድን ፕሮቲን ፎልዲንግ የተሻለ ኮምፒውቲሽናል አቀራረቦች ለማዳበር እየሰራ ሳይንቲስቶች ማህበረሰብ አካል ነበሩ. ያላቸውን ስልተ ርቆ ኩባንያዎች ነበር ሳለ ምን እንደተከናወነ ለመከታተል እንዲቻል, ቤከር እና ቡድን አልፎ አልፎ ስልተ እድገት ይቀመጥና አንድ የማያ-ቆጣቢ ማየት ነበር. እነዚህ የምስል እየተመለከተ ሳለ, ቤከር ሰዎች ሂደት ውስጥ ለመርዳት ያህል ይቻል እንደሆነ ማሰብ ጀመርኩ; በዚህ መንገድ Foldit አንድ የፈጠራ እና ውብ ክፍት ጥሪ ጀመረ (Hand 2010) .

Foldit ማንኛውም ሰው መጫወት የሚችል ጨዋታ ወደ የፕሮቲን ታጥፋለህ ሂደት ይቀይረዋል. ተጫዋቹ አንፃር, Foldit እንቆቅልሽ (ምስል 5.8) ይመስላል. ተጫዋቾች የፕሮቲን አወቃቀር አንድ ሶስት-ልኬት የማይተሳሰር ጋር የቀረቡ እና ቅርጽ መለወጥ ስለሚገልጸው ስለ "መገንባት", "ተወዛወዘ" "ሊመራመሩበት," operations- ማከናወን ይችላሉ. ከእነዚህ ሥራዎች በማከናወን ተጫዋቾች ተራ ይጨምራል ወይም ነጥብ ይቀንሳል ይህም, ፕሮቲን ቅርጽ መቀየር. የተደነቀው, ውጤቱን በአሁኑ ውቅር የኃይል-ደረጃ ላይ የተመሰረተ ነው የሚሰላው; ዝቅተኛ-የኃይል ውቅሮች ከፍተኛ ውጤቶች ያስከትላሉ. በሌላ አነጋገር, ውጤቱን እነርሱም, ዝቅተኛ ጉልበት ያላቸው ውቅሮች ፍለጋ እንደ ተጫዋቾችን ለመምራት ይረዳል. የ Netflix ሽልማት-ፕሮቲን ታጥፋለህ ውስጥ የፊልም ደረጃዎችን መተንበይ እንደ ደግሞ ከእነርሱ መፍጠር ይልቅ መፍትሔ ለማረጋገጥ ቀላል በሆነበት ሁኔታ ስለሆነ ብቻ-ይህ ጨዋታ ብቻ ነው.

ስእል 5.8: Foldit የጨዋታ ማያ.

Foldit የአምላክ የሚያምር ንድፍ ባለሙያዎች አማካኝነት የተነደፈ ምርጥ ስልተ ጋር መወዳደር ባዮኬሚስትሪ ጥቂት መደበኛ እውቀት ጋር ተጫዋቾች ያስችላቸዋል. አብዛኞቹ ተጫዋቾች ተግባር ላይ በተለይ ጥሩ አይደለም ቢሆንም, ልዩ የሆኑ ተጫዋቾች ጥቂት ተጫዋቾች እና አነስተኛ ቡድኖች አሉ. እንዲያውም, 10 የተወሰነ ፕሮቲኖች አወቃቀር መተንበይ ራስ-ወደ-ራስ ውድድር, Foldit ተጫዋቾች ሰቴት-ኦቭ-ዘ-አርት ፕሮቲን ታጥፋለህ; ስልተ አምስት ጊዜ ሊመታ ችለው ነበር (Cooper et al. 2010) .

Foldit እና Netflix ሽልማት በብዙ መንገዶች የተለያዩ ናቸው, ነገር ግን ሁለቱም ለማመንጨት ይልቅ ለማየት ቀላል የሆኑ መፍትሔ ክፍት ጥሪዎችን ያካትታሉ. በፓተንት ህግ: አሁን ገና ሌላ ከዚህ በጣም የተለየ ቅንብር ውስጥ ተመሳሳይ መዋቅር ያያሉ. ክፍት ጥሪ ችግር ይህ የመጨረሻው ምሳሌ እነርሱ ደግሞ በግልጽ በቁጥር የተመቸ አይደለም የሆኑ ቅንብሮች ውስጥ ስራ ላይ መዋል እንደሚችል ያሳያል.